CSML: Cell System Markup Language

• 東京大学 医科学研究所

CSMLは、細胞内の遺伝子制御ネットワーク、代謝ネットワーク、シグナル伝達系、細胞間の制御関係などを、システムダイナミクスを含めて記述するためのXMLフォーマットです。他の生体内パスウェイ記述 XMLフォーマットであるCellMLやSBML形式を包含できるよう定義されています。さらに、より厳密かつ効率的に他形式とのデータのやりとりを実現するため、CSMLは、OWL(Web Ontology Language)で記述したオントロジー言語CSO(Cell System Ontology)を利用して定義しています。CSOは、シグナル伝達経路や遺伝子制御ネットワークをダイナミクスを含めて知識表現するにおいて必須と考えられる語彙を定義しています。さらに、さまざまなアプリケーション間で視覚情報も標準化して相互にやりとりできるようにするため、CSOでは各語彙に対して標準のアイコンを定義しています。