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J-GLOBAL ID：200902165562456148   整理番号：98A0164059

分子動力学法プログラムAMBERとBarnes-Hut tree codeの並列化と性能評価

Parallelization and Performance Evaluation of MD Program AMBER and Barnes-Hut Tree Code.

著者 (7件)： 斎藤稔 (新情報処理開発機構) ,  三十尾潔高 (情報数理研) ,  志沢由久 (情報数理研) ,  丸川一志 (アロー) ,  秋山泰 (新情報処理開発機構) ,  野口保 (新情報処理開発機構) ,  鬼塚健太郎 (新情報処理開発機構)
資料名： 情報処理学会研究報告  (IPSJ SIG Technical Reports)
巻： 97  号： 121(HPC-69)  ページ： 61-66  発行年： 1997年12月12日 
JST資料番号： Z0031B  ISSN： 0919-6072  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： 蛋白質の分子動力学シミュレーションは,蛋白質と水の原子からな...

シソーラス用語： *並列処理 ,...
準シソーラス用語： MPI【計算機】

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分類 (2件)： ディジタル計算機方式一般  (JC02010O) ,  分子衝突・相互作用一般  (BH07010E)

引用文献 (8件)：

• PEARLMAN, D. A. AMBER4.1. 1995
• SATO, H. Parallelization of AMBER molecular dynamics program for the AP1000 highly parallel computer. Proceedings of SHPCC-92. 1992, 113-120
• BARNES, J. A hierarchical O(NlogN) force-calculation algorithm. Nature. 1986, 324, 446-449
• 斎藤稔. 蛋白質分子の分子動力学計算. 科学. 1991, 61, 822-824
• SAITO, M. Molecular dynamics simulations of proteins in water without the truncation of long-range Coulomb interactions. Molecular Simulation. 1992, 8, 321-333

タイトルに関連する用語 (4件)： 分子動力学法 ,  AMBER ,  並列化 ,  性能評価