研究者
J-GLOBAL ID：200901096694313316   更新日: 2024年11月19日

秋山 泰

アキヤマ ユタカ | Akiyama Yutaka
所属機関・部署：
東京科学大学 情報理工学院

東京科学大学 情報理工学院 について


職名： 教授
ホームページURL (2件)： http://www.bi.cs.titech.ac.jp/ ,  http://www.bi.cs.titech.ac.jp/web/top_en.html
研究分野 (1件)： 生命、健康、医療情報学
研究キーワード (3件)： 計算創薬 ,  並列処理応用 ,  バイオインフォマティクス
競争的資金等の研究課題 (9件)：
  • 2022 - 2025 部分構造の重複を利用した大規模化合物データベース向けバーチャルスクリーニング手法
  • 2021 - 2024 室内環境における真菌およびダニの増殖関連性に関する研究
  • 2020 - 2023 ミトコンドリア病細胞死阻止機構の解明と創薬
  • 2017 - 2020 中分子創薬に適した特性を有する環状ペプチド分子設計手法の開発
  • 2015 - 2019 in silicoとin vitroの融合によるトリパノソーマ原虫治療薬探索
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論文 (112件)：
  • Taisuke Boku, Masatake Sugita, Ryohei Kobayashi, Shinnosuke Furuya, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Improving Performance on Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations by Optimizing GPU Core Utilization. ACM International Conference Proceeding Series. 2024. 1082-1091
  • Ryunosuke Yoshino, Nobuaki Yasuo, Yohsuke Hagiwara, Takashi Ishida, Daniel Ken Inaoka, Yasushi Amano, Yukihiro Tateishi, Kazuki Ohno, Ichiji Namatame, Tatsuya Niimi, et al. Discovery of a Hidden Trypanosoma cruzi Spermidine Synthase Binding Site and Inhibitors through In Silico, In Vitro, and X-ray Crystallography. ACS Omega. 2023
  • Jianan Li, Keisuke Yanagisawa, Masatake Sugita, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. CycPeptMPDB: A Comprehensive Database of Membrane Permeability of Cyclic Peptides. Journal of chemical information and modeling. 2023. 63. 7. 2240-2250
  • Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Lipid Composition Is Critical for Accurate Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides by Molecular Dynamics Simulations. Journal of chemical information and modeling. 2022. 62. 18. 4549-4560
  • Keisuke Yanagisawa, Rikuto Kubota, Yasushi Yoshikawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama. Effective Protein-Ligand Docking Strategy via Fragment Reuse and a Proof-of-Concept Implementation. ACS omega. 2022. 7. 34. 30265-30274
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MISC (323件)：
  • Masahito Ohue, Hiroki Watanabe, Yutaka Akiyama. MEGADOCK-Web-Mito: human mitochondrial protein-protein interaction prediction database. 2021
  • 井澤和也, 井澤和也, 柳澤渓甫, 柳澤渓甫, 大上雅史, 大上雅史, 秋山泰, 秋山泰. 標的配列との結合・開放エネルギー推定によるアンチセンス核酸の阻害活性モデルの研究. 情報処理学会研究報告(Web). 2021. 2021. MPS-134
  • 井澤和也, 柳澤渓甫, 柳澤渓甫, 大上雅史, 大上雅史, 秋山泰, 秋山泰. 標的配列との結合・開放エネルギー推定に基づくアンチセンス核酸の阻害活性モデルの研究. 情報処理学会研究報告(Web). 2021. 2021. BIO-65
  • 高畠和輝, 伊澤和輝, 秋川元宏, 大上雅史, 秋山泰. 圧縮アミノ酸を利用した二段階のシード探索によるメタゲノム配列相同性検索の改良. 情報処理学会研究報告(Web). 2020. 2020. BIO-61
  • 久保田陸人, 柳澤渓甫, 吉川寧, 大上雅史, 秋山泰. 共通な部分構造の再利用による高速なタンパク質リガンドドッキング手法の開発. 情報処理学会研究報告(Web). 2020. 2020. BIO-61
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特許 (16件)：
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書籍 (8件)：
  • 細胞丸ごとRNA解析に向けたバイオインフォマティクス技術
    CMC出版 2006 ISBN:4882315955
  • ポストゲノム-ライフサイエンス最前線
    丸善 2002
  • 並列タンパク質情報解析(PAPIA)システム
    共立出版 1999
  • WWWによる統合データベース環境
    共立出版 1996
  • トリッキープログラムの謎を解け-RNA2次構造予測への組合せ最適化的アプローチ
    共立出版 1994
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講演・口頭発表等 (231件)：
  • Proposal of an all-to-all protein-protein interaction prediction technique
    (2010)
  • Improvement of accuracy of the protein-protein docking calculation by a re-ranking method and its application to all-to-all protein-protein interaction predictions
    (IPSJ SIG Technical Report 2010)
  • A computational screening system of protein-protein interactions: connecting structural information to pathway estimation.
    (The 2nd Biosupercomputing Symposium 2010)
  • MEGADOCK: An all-to-all protein-protein interaction prediction system -- Improving the accuracy using boosting and binding energy reranking.
    (The 2nd Biosupercomputing Symposium 2010)
  • Improvement of rigid-body prediction for unbound docking based on protein feature
    (IPSJ SIG Technical Report 2010)
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学歴 (3件)：
  • 1986 - 1990 慶應義塾大学 理工学研究科 電気工学専攻
  • 1984 - 1986 慶應義塾大学 工学研究科 電気工学専攻
  • 1980 - 1984 慶應義塾大学 工学部 電気工学科
学位 (1件)：
  • 工学博士 (慶應義塾大学)
経歴 (6件)：
  • 2007/04 - 現在 東京工業大学 情報理工学院 教授
  • 2001/04 - 2007/03 国立研究開発法人産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター 研究センター長
  • 2000/04 - 2001/03 工業技術院 電子技術総合研究所 主任研究官
  • 1996/04 - 2000/03 技術研究組合 新情報処理開発機構 つくば研究センター 研究チーム長
  • 1992/04 - 1996/03 京都大学 化学研究所 助教授
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委員歴 (6件)：
  • 2008 - 2010 Information Processing Society of Japan editorial board of SIGMPS、Secretary of SIGMPS
  • 2008 - 2010 Japanese Society for Bioinformatics Secretary、Board member、Vice President、Secretary
  • 2008 - 2010 情報処理学会 研究会運営委員(MPS)、研究会運営委員(HPS)、研究会論文誌編集委員、研究会幹事(MPS)
  • 2008 - 2010 日本バイオインフォマティクス学会 幹事、評議員、副会長、幹事
  • 2005 - 2007 Japanese Society of Artificial Intelligence Board member
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受賞 (3件)：
  • 2013/08 - 内閣府 第11回 産学官連携功労者表彰 厚生労働大臣賞 「顧みられない熱帯感染症」創薬研究データベースの開発
  • 1988 - Best Paper Award for Young Researcher
  • 1988 - 学術奨励賞
所属学会 (14件)：
The Molecular Biology Society of Japan ,  Japanese Neural Network Society ,  The Biophysical Society of Japan ,  The Japanese Society for the Study of Xenobiotics ,  Japanese Society of Artificial Intelligence ,  Information Processing Society of Japan ,  Japanese Society for Bioinformatics ,  日本分子生物学会 ,  日本神経回路学会 ,  日本生物物理学会 ,  日本薬物動態学会 ,  人工知能学会 ,  情報処理学会 ,  日本バイオインフォマティクス学会
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