DNAナノ足場内で視覚化されたピロール-イミダゾールポリアミドでの配列選択的単一分子アルキル化

YOSHIDOME Tomofumi; ENDO Masayuki; ENDO Masayuki; KASHIWAZAKI Gengo; HIDAKA Kumi; BANDO Toshikazu; SUGIYAMA Hiroshi; SUGIYAMA Hiroshi

文献

J-GLOBAL ID：201202201552082276 整理番号：12A0620457

DNAナノ足場内で視覚化されたピロール-イミダゾールポリアミドでの配列選択的単一分子アルキル化

Sequence-Selective Single-Molecule Alkylation with a Pyrrole-Imidazole Polyamide Visualized in a DNA Nanoscaffold

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資料名：
巻： 134 号： 10 ページ： 4654-4660 発行年： 2012年03月14日
JST資料番号： C0254A ISSN： 0002-7863 CODEN： JACSAT 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

設計されたDNAオリガミ足場中でピロール-イミダゾール(PI)ポリアミドを用いる標的二本鎖DNA(dsDNA)の配列選択的アルキル化を視覚化する新しい戦略を実演した。二重機能化PIポリアミドには標的配列での配列選択的アルキル化,及び,続くストレプトアビジン標識化のためにそれぞれアルキル化剤1-(クロロメチル)-5-ヒドロキシ-1,2-ジヒドロ-3H-ベンズ[e]インドール (seco-CBI)及びビオチンを導入するように設計した。基質DNAにおける標的部位の選択的アルキル化はシーケンシングゲル電気泳動を用いる分析で観測された。原子間力顕微鏡(AFM)を用いる機能化PIポリアミドによるアルキル化の単一分子観測のためにdsDNA(~200塩基対)の標的位置をアルキル化し,ストレプトアビジン標識化により視覚化した。窪みに5個の異なるDNA配列を置ける「5ウエルDNA枠」と名づけた新しく設計したDNAオリガミ足場を配列選択性とアルキル化の詳細な分析に使った。標的配列としてAGTXCCA/TGGYACT(XY=AT,TA,GC,CG)(X=G,完全一致; X=A,T,C,一塩基不一致)を用いた64マーdsDNAを5個の個々のウエルに導入した。完全一致配列のアルキル化の選択性は不一致配列を超える88%であった。それに加えてPIポリアミドは洗滌とストレプトアビジン処理後のアルキル化部位を欠く標的配列への付着ができなかった。したがってこのPIポリアミドは単一分子水準で一塩基不一致塩基を識別し,アルキル化はPIポリアミドを標的dsDNAに繋ぎとめた。

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核酸一般

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