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J-GLOBAL ID：202002287900899086   整理番号：20A1231070

PaCS-MD/MSM:効率的な非バイアスサンプリング法としてのMarkov状態モデルと組み合わせた並列カスケード選択分子動力学シミュレーション

PaCS-MD/MSM: Parallel Cascade Selection Molecular Dynamic Simulation in Combination with Markov State Model as an Efficient non-Bias Sampling Method

著者 (5件)： TRAN Duy Phuoc (Tokyo Inst. of Technol.) ,  HATA Hiroaki (Tokyo Inst. of Technol.) ,  OGAWA Takumi (Tokyo Inst. of Technol.) ,  TAIRA Yuta (Tokyo Inst. of Technol.) ,  KITAO Akio (Tokyo Inst. of Technol.)
資料名： アンサンブル  (分子シミュレーション学会誌)
巻： 22  号： 2  ページ： 151-156  発行年： 2020年04月30日 
JST資料番号： L8101A  ISSN： 1884-6750  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 解説  発行国： 日本 (JPN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ・蛋白質/ペプチド複合体の会合解離の調査で,Markovモデ...

シソーラス用語： *確率モデル ,...
準シソーラス用語： PaCS-MD法

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分類 (2件)： 分子の電子構造  (BH05010Q) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

引用文献 (17件)：

• [1] A. L. Beberg, D. L. Ensign, G. Jayachandran, S. Khaliq, and V. S. Pande, in 2009 IEEE Int. Symp. Parallel Distrib. Process. (IEEE, 2009), pp. 1-8.
• [2] D. E. Shaw, et al, in SC14 Int. Conf. High Perform. Comput. Networking, Storage Anal. (IEEE, 2014), pp. 41-53.
• [3] Y. Sugita and Y. Okamoto, Chem. Phys. Lett. 314, 141 (1999). https://doi.org/10.1016/S0009-2614(99)01123-9
• [4] S. Izrailev, S. Stepaniants, B. Isralewitz, D. Kosztin, H. Lu, F. Molnar, W. Wriggers, and K. Schulten, Comput. Mol. Dyn. Challenges, Methods, Ideas SE - 2 4, 39 (1999). https://doi.org/10.1007/978-3-642-58360-5_2
• [5] A. Laio and M. Parrinello, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 99, 12562 (2002). https://doi.org/10.1073/pnas.202427399

タイトルに関連する用語 (5件)： MSM ,  バイアス ,  サンプリング ,  カスケード ,  分子動力学シミュレーション