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J-GLOBAL ID：202202256401982503   整理番号：22A0469863

解離並列カスケード選択分子動力学とマルコフ状態モデルを用いて計算したタンパク質/リガンド複合体の結合自由エネルギー

Binding free energy of protein/ligand complexes calculated using dissociation Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics and Markov state model

著者 (5件)： Hata Hiroaki (School of Life Science and Technology, Tokyo Institute of Technology) ,  Phuoc Tran Duy (School of Life Science and Technology, Tokyo Institute of Technology) ,  Marzouk Sobeh Mohamed (School of Life Science and Technology, Tokyo Institute of Technology) ,  Marzouk Sobeh Mohamed (Physics Department, Faculty of Science, Ain Shams University) ,  Kitao Akio (School of Life Science and Technology, Tokyo Institute of Technology)
資料名： Biophysics and Physicobiology (Web)  (Biophysics and Physicobiology (Web))
巻： 18  ページ： 305-316(J-STAGE)  発行年： 2021年 
JST資料番号： U0030A  ISSN： 2189-4779  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 日本 (JPN)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 著者らは最近,解離並列カスケード選択分子動力学シミュレーショ...

シソーラス用語： *自由エネルギー ,...
準シソーラス用語： PaCS-MD ,...

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著者キーワード (5件)： PaCS-MD ,  結合自由エネルギー計算 ,  強化サンプリング法 ,  Markov状態モデル ,  分子動力学シミュレーション

分類 (3件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  薬物の研究法  (GV01020U)

引用文献 (68件)：

• [1] Lelièvre, T., Rousset, M., Stoltz, G. Free energy computations: A mathematical perspective (Imperial College Press, London, 2010). https://doi.org/10.1142/p579
• [2] Plattner, N., Noé, F. Protein conformational plasticity and complex ligand-binding kinetics explored by atomistic simulations and Markov models. Nat. Commun. 6, 7653 (2015). https://doi.org/10.1038/ncomms8653
• [3] Tiana, G., Simona, F., De Mori, G. M. S., Broglia, R. A., Colombo, G. Understanding the determinants of stability and folding of small globular proteins from their energetics. Protein Sci. 13, 113-124 (2004). https://doi.org/10.1110/ps.03223804
• [4] Wang, W., Donini, O., Reyes, C. M., Kollman, P. A. Biomolecular simulations: Recent developments in force fields, simulations of enzyme catalysis, Protein-Ligand, Protein-Protein, and Protein-Nucleic acid noncovalent interactions. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 30, 211-243 (2001). https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.30.1.211
• [5] Brooijmans, N., Kuntz, I. D. Molecular recognition and docking algorithms. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 32, 335-373 (2003). https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.32.110601.142532

タイトルに関連する用語 (8件)： 解離 ,  カスケード ,  分子動力学 ,  計算 ,  タンパク質 ,  リガンド ,  複合体 ,  結合自由エネルギー