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J-GLOBAL ID：202302215931189357   整理番号：23A2512169

腸内デザインに向けた代謝物質の機能理解 腸内細菌群集の網羅的代謝機能データベース

Functional annotation atlas for human gut microbiome

著者 (2件)： 城間博紹 (沖縄科学技術大学院大) ,  山田拓司 (東京工大)
資料名： 生化学
巻： 95  号： 4  ページ： 483-489  発行年： 2023年08月25日 
JST資料番号： G0184A  ISSN： 0037-1017  CODEN： SEIKAQ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： 日本 (JPN)  言語： 日本語 (JA)

抄録/ポイント： ヒト腸内環境解析は次世代シーケンサーの発展と,腸内環境と疾患...

シソーラス用語： *代謝産物 ,...
準シソーラス用語： 網羅的解析 ,...

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分類 (3件)： 代謝と栄養  (EG03054K) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (22件)：

• Venter, J.C., Remington, K., Heidelberg, J.F., Halpern, A.L., Rusch, D., Eisen, J.A., Wu, D., Paulsen, I., Nelson, K.E., Nelson, W., et al. (2004) Environmental genome shotgun sequencing of the sargasso sea. Science, 304, 66-74.
• Blainey, P.C. (2013) The future is now: Single-cell genomics of bacteria and archaea. FEMS Microbiol. Rev., 37, 407-427.
• Kang, D.D., Li, F., Kirton, E., Thomas, A., Egan, R., An, H., &Wang, Z. (2019) MetaBAT 2: An adaptive binning algorithm for robust and efficient genome reconstruction from metagenome assemblies. PeerJ, 7(e7359), e7359.
• Mitchell, A.L., Almeida, A., Beracochea, M., Boland, M., Burgin, J., Cochrane, G., Crusoe, M.R., Kale, V., Potter, S.C., Richardson, L.J., et al. (2020) MGnify: The microbiome analysis resource in 2020. Nucleic Acids Res., 48(D1), D570-D578.
• Parks, D.H., Imelfort, M., Skennerton, C.T., Hugenholtz, P., &Tyson, G.W. (2015) CheckM: Assessing the quality of microbial genomes recovered from isolates, single cells, and metagenomes. Genome Res., 25, 1043-1055.

タイトルに関連する用語 (8件)： 腸 ,  デザイン ,  代謝物質 ,  理解 ,  腸内細菌 ,  群集 ,  代謝 ,  データベース