特許
J-GLOBAL ID：202303001190986111
予測方法、予測装置、及び予測プログラム
発明者：
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出願人/特許権者：
代理人 (1件)：
弁理士法人太陽国際特許事務所
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2022-030494
公開番号（公開出願番号）：特開2023-126047
出願日： 2022年02月28日
公開日（公表日）： 2023年09月07日
要約：
【課題】計算コストを低減させつつ、ペプチドが取り得る様々な配座を考慮に入れてシミュレーションを実行し、ペプチドの膜透過性を効率的に予測する。
【解決手段】予測装置10は、細胞膜を表す膜領域と、膜領域の一方側と隣接する溶媒を表す第1溶媒領域と、膜領域の他方側と隣接する溶媒を表す第2溶媒領域とを透過する際のペプチドの膜透過性を予測する。予測装置10は、膜領域と第1溶媒領域の境界部分の領域における、膜領域の膜表面に対する鉛直軸方向におけるペプチドの位置を表す反応座標zにおいて、所定の配座をサンプリングする拡張アンサンブル分子動力学手法を適用することにより、ペプチドを含むレプリカを複数生成し、複数のレプリカに基づいて、シミュレーションを実行し、境界部分の領域とは異なる領域におけるシミュレーションを実行することなく、シミュレーションの結果を取得する。予測装置10は、境界部分の領域におけるシミュレーションの結果に基づいて、ペプチドの膜透過性を予測する。
【選択図】図1
請求項（抜粋）：
細胞膜を表す膜領域と、前記膜領域の一方側と隣接する溶媒を表す第1溶媒領域と、前記膜領域の他方側と隣接する溶媒を表す第2溶媒領域とをペプチドが透過する際の前記ペプチドの膜透過性を予測する予測方法であって、
前記膜領域と前記第1溶媒領域の境界部分の領域における、前記膜領域の膜表面に対する鉛直軸方向における前記ペプチドの位置を表す反応座標zにおいて、所定の配座をサンプリングする拡張アンサンブル分子動力学手法を適用することにより、前記ペプチドを含むレプリカを複数生成し、複数の前記レプリカに基づいて、シミュレーションを実行し、前記境界部分の領域とは異なる領域における前記シミュレーションを実行することなく、前記シミュレーションの結果を取得し、
前記境界部分の領域における前記シミュレーションの結果に基づいて、前記ペプチドの膜透過性を予測する、
処理をコンピュータが実行する予測方法。
IPC (2件)：
FI (2件)：
Fターム (6件)：
4C084AA30
, 4C084BA44
, 4C084CA62
, 4C084NA05
, 4C084NA11
, 4C084NA13
