- 2021 - 2027 ありえた生体高分子ネットワークを創出する BioDOS の構築
- 2021 - 2026 天然で起こりえない進化を実現する無細胞分子システムのボトムアップ構築
- 2022 - 2024 ありえる細胞間通信システムの機械学習による具現化とこれを用いた微生物集団の制御
- 2021 - 2023 リソース競合とボトルネック効果を加味した多数分子多段システムデザイン戦略の確立
- 2021 - 2023 アミノ酸種が限定されていた生命の共通祖先以前のタンパク質の配列推定法の開発と評価
- 2019 - 2022 生命に現在の20種類の標準アミノ酸は必要か:遺伝暗号改変による理工学アプローチ
- 2018 - 2019 遺伝暗号における正確さの向上と低下がもたらす進化上のトレードオフの理解と活用
- 2015 - 2018 初期生命が用いたタンパク質のみから構成される人工ゲノムの合成
- 2016 - 2018 細胞集団内で遺伝子発現が空間分布により多様化されるための諸要素の相関の解明
- 2015 - 2018 動物細胞における複数人工遺伝子回路の組み合わせのシステム理論の確立と実践
- 2015 - 2018 グローバルな感染症等生物学的脅威を巡る新たな紛争ランドスケープの研究
- 2011 - 2016 合成生物学の技術基盤構築
- 2012 - 2016 平成24年度「革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発」
- 2014 - 2015 2種細胞間に分担されたポジティブフィードバックによる細胞集団挙動のプログラミング
- 2011 - 2015 人工遺伝子回路の機能向上のための進化分子工学による生体分子の改良
- 2011 - 2013 哺乳細胞内で動作する人工遺伝子回路によるエピジェネティック・ランドスケープの構築
- 2011 - 2012 単純化遺伝暗号を併用する細胞の構築
- 2008 - 2011 細胞間相互作用により双安定状態を維持する人工遺伝子回路の解析
- 2009 - 2010 オープンサイエンスの分析と基盤的ソフトウェアの構築
- 2009 - 2010 アミノ酸の種類が減少した生体分子システムの構築
- 2008 - 2009 小分子入力インターフェイスを備えた分子コンピュータの構築
- 2008 - 2008 安定性が上昇した高機能蛋白質、および、部位特異的に修飾・固定化が可能な高機能蛋白質を低コストに大量生産する手法の開発
- 2007 - 2008 遺伝暗号表の起源への実験的アプローチ
- 2007 - 2008 安定性が上昇した高機能蛋白質、および、部位特異的に修飾・固定化が可能な高機能蛋白質を低コストに大量生産する手法の開発
- 2007 - 2008 DNAエンコード技術による生体情報分析法
- 2005 - 2006 演算結果としてタンパク質を出力する自律型生体高分子コンピュータの構築
- 2002 - 2006 ナチュラルコンピューティングの分子実現とその設計論
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