- 2023 - 2026 流域治水対応型多自然川づくり支援ツール開発:生物情報を最大限に生かす新たな試み
- 2021 - 2026 流域圏生態系におけるヒトと自然の共生
- 2021 - 2026 ゆらぎの場としての水循環システムの動態的解明による水共生学の創生
- 2020 - 2024 流域におけるノロウイルスの動態把握と流行予測
- 2020 - 2023 陸域・海域エコトーン部の地中浅所の緩衝水域:その形成条件特定と生態学的機能解明
- 2017 - 2020 さらなる脅威、ブラジルチドメグサとナガエツルノゲイトウの拡大シナリオの解明と対策
- 2015 - 2019 干潟生態系のかく乱と生物遷移:干潟の物理場・生物の時空間シミュレーション解析
- 2014 - 2019 流域地質及び河道・氾濫原改変が菊池川水系の河川生態系の構造と機能に及ぼす影響とそれに基づいた河道管理手法に関する研究
- 2014 - 2017 国内および東アジアからの淡水魚の移入による影響実態と在来遺伝子資源の保全及び復元
- 2014 - 2017 国内淡水魚の遺伝子かく乱予測モデルの開発-共存関係に基づくリスク評価
- 2013 - 2016 干潟間隙水の塩分安定化作用およびそれを介した生物間相互作用に関する研究
- 2012 - 2015 干潟生態系の維持機構の解明-ハイダム撤去の事前事後調査に着目して-
- 2012 - 2015 干潟生態系の維持機構の解明-ハイダム撤去の事前事後調査に着目して-
- 2013 - 2014 応用生態工学的アプローチによる熊本県境川における絶滅危惧種タナゴ類の生息ポテンシャル評価と河川改修方法の検討・提案
- 2009 - 2012 国内移植による淡水魚類の遺伝子かく乱の現状把握および遺伝子かく乱侵攻予測モデルの構築
- 2007 - 2008 移入生物が在来生物に及ぼす影響評価
- 2008 - 歴史・文化・生物多様性の総合的保全に関する研究
- 2006 - 2007 有明海沿岸クリークの魚類生態系の構造解明と保全学的研究
- 2006 - 都市化が河川生態系に及ぼす影響
- 2005 - 海産生物を使った生物影響評価試験に関する研究
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