- 2016 - 2017 環境DNA技術を用いた希少種保護のための生物相評価手法の開発
- 2016 - 2017 廃校になった小学校校舎を利用した希少生物保護と活動の展開
- 2011 - 2013 水産重要種カワヤツメの性成熟制御機構解明のための分子生態学的アプローチ
- 2008 - 2010 資源量減少が著しいカワヤツメの生態学的・遺伝学的研究
- 2008 - 2009 ヤツメウナギ類における成熟機構解明のための分子遺伝学的及び生態学的アプローチ
- 2007 - 2009 東ユーラシアにおける淡水魚類の生物多様性起源:分化と分散の多層的アプローチ
- 2003 - 2005 極東アジアにおける淡水魚類の生物多様性とその起源
- 2001 - 2002 神通川水系の水環境と流域生態系の調査ー環境汚染物質が生態系に及ぼす影響
- 極東産淡水魚類の進化
- 隠ぺい種群の種分化
- 生物多様性の変動機構と起源
- Origin and Dynamics of biodiversity
- Evolution of freshwater fishes from Far East
- Speciation in cryptic species
- 河川性動物における生息環境解明のための多重階層スケール解析
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