ベッカーゲルトヤン

Bekker Gert-Jan

所属機関・部署：
職名：講師

研究分野 (3件)：生命、健康、医療情報学 , 計算科学 , 生物物理学

論文 (33件)：

Gert-Jan Bekker, Yoshifumi Fukunishi, Junichi Higo, Narutoshi Kamiya. Binding Mechanism of Riboswitch to Natural Ligand Elucidated by McMD-Based Dynamic Docking Simulations. ACS Omega. 2024
Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno. Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model. Journal of Chemical Theory and Computation. 2024
Gert-Jan Bekker, Nobutaka Numoto, Maki Kawasaki, Takahiro Hayashi, Saaya Yabuno, Yuko Kozono, Takeyuki Shimizu, Haruo Kozono, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda, et al. Elucidation of binding mechanism, affinity and complex structure between mWT1 tumor-associated antigen peptide and HLA-A*24:02. Protein Science. 2023
Gert-Jan Bekker, Mitsugu Araki, Kanji Oshima, Yasushi Okuno, Narutoshi Kamiya. Mutual induced-fit mechanism drives binding between intrinsically disordered Bim and cryptic binding site of Bcl-xL. Communications Biology. 2023. 6. 1
Junichi Higo, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Yoshifumi Fukunishi. Binding free-energy landscapes of small molecule binder and non-binder to FMN riboswitch: All-atom molecular dynamics. Biophysics and Physicobiology. 2023

MISC (31件)：

BEKKER Gert-Jan. PDBjが提供する,構造データを分析,編集・登録するためのツールやサービス. 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集. 2021. 21st
BEKKER Gert-Jan. 構造データの解析と可視化のためのPDBjツールとサービス. 生物物理(Web). 2021. 61. Supplement 1-2
横地政志, BEKKER Gert-Jan, 栗栖源嗣. RDFグラフデータモデルによるwwPDBコアアーカイブの拡張. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2021. 44th
Narutoshi Kamiya, Gert-Jan Bekker. Flexible Docking between Enzyme and Its Inhibitor Using Multicanonical MD Simulations and Binding Free Energy Calculations. BIOPHYSICAL JOURNAL. 2020. 118. 3. 361A-361A
Bekker Gert-Jan, Kawabata Takeshi, Kurisu Genji. 生物学的構造モデルアーカイブ(BSM-ARC):in silicoモデルとシミュレーションのためのアーカイブ【JST・京大機械翻訳】. Biophysical Reviews. 2020. 12. 2

書籍 (2件)：

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