- 2018 - 2023 RNA修飾の変動と生命現象
- 2019 - 2021 ナノポアシーケンスを用いたRNA修飾の1分子解析技術の開発
- 2015 - 2019 ノンコーディングRNAネオタクソノミの実現を加速する国際活動支援
- 2014 - 2019 ncRNAのケミカルタクソノミ
- 2014 - 2019 RNAエピジェネティックスと高次生命現象
- 2013 - 2017 リボソームCODEの破綻とリボソーム病発症の分子機構
- 2014 - 2016 tRNAの新規成熟経路の解析と5’キャップによる成熟制御機構の解析
- 2012 - 2016 動物ミトコンドリアにおける遺伝暗号成立基盤の解明
- 2013 - 2015 出芽酵母の胞子形成時におけるRNAエピジェネティクス
- 2010 - 2015 RNA修飾が支配する遺伝子発現調節機構の探究と高次生命現象
- 2011 - 2014 RNA成熟マシナリーの構造的基盤と機能進化
- 2011 - 2013 ペプチジルtRNAの脱落と新規翻訳制御機構の提唱
- 2010 - 2013 リボソームの異常と疾患:新たな疾患「リボソーム病」発症の分子機構
- 2011 - 2012 新規DNA修飾の探索とエピジェネティッスクのパラダイムシフト
- 2008 - 2011 RAT-U13snoRNA複合体構造解析によるリボソーム成熟機構の解明
- 2010 - 2010 RNA修飾が関与する高次生命現象と遺伝子発現調節機構
- 2007 - 2009 RNA修飾が関与する遺伝子発現調節機構と高次生命現象
- 2005 - 2009 RNAの機能発現に必要な修飾構造の全体像解明
- 2005 - 2006 RNA修飾異常に起因する疾患の探索と分子機構の解明
- 2002 - 2006 ミトコンドリア翻訳系の特異な分子間ネットワークと機能特性
- 2004 - 2005 ライシジン合成酵素を標的とした抗生物質の開発
- 2004 - 2004 ヒトRNAエディティング部位の探索とRNA修飾関連遺伝子群の網羅的同定
- 2003 - 2004 新規機能配列選択法を用いたリボソームRNAの機能解析
- 2002 - 2004 ミトコンドリア翻訳系の機能異常に起因する疾患の分子機構
- 2002 - 2003 アミノアシルtRNA合成酵素-tRNAネットワークにおける翻訳精度維持機構の研究
- 2002 - 2003 動物ミトコンドリアの特殊性を活用した遺伝情報翻訳システムの基盤原理の解明
- 2002 - 2002 新規機能配列選択法を用いたリボソームRNAの機能解析
- 2002 - 2002 バクテリアのtRNA修飾酵素遺伝子の網羅的同定とtRNA修飾塩基の機能解析
- 2001 - 2001 大腸菌の全tRNA修飾酵素遺伝子の同定とtRNA修飾塩基の網羅的機能解析
- 2000 - 2001 動物ミトコンドリアに見出された新規修飾ヌクレオシドの構造機能解析〜ミトコンドリア病発症メカニズムへのアプローチ〜
- 1999 - 2001 構造生物学によるミトコンドリア翻訳装置の構築原理の解明
- 1999 - 2000 複雑系としての蛋白質合成系
- 1998 - 2000 リボソームRNAの機能構造解析
- 1997 - 2000 RNA触媒機能の分子基盤
- 1998 - 1999 多義語コドンによる遺伝子発現機構と生物学的意義の解明
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