- 2023 - 2025 感染性細菌の宿主適応リスクを見据えるフィンブリオミクスの創出
- 2021 - 2025 アジア発酵食文化圏の再構築を目指す学際的研究
- 2021 - 2025 分散接着性大腸菌による腸炎抑制メカニズム解明とプロバイオティクスへの応用
- 2023 - 2025 全国の醤油醸造蔵から分離される耐塩性乳酸菌のゲノム多様性と菌株保全
- 2021 - 2024 社会的ジレンマが生み出す薬剤耐性菌の蔓延防止戦略
- 2020 - 2024 Testing dilution versus amplification effects of primate biodiversity on parasite biodiversity
- 2020 - 2023 人の流れを考慮した空間分子疫学による結核伝播様式の解明
- 2018 - 2022 人為的撹乱が野生動物に及ぼす影響の総合評価:そのメカニズムの解明に向けて
- 2020 - 2022 病原細菌の宿主適応とニッチ拡散:定着因子の分子進化から拓く微生物生態学の新展開
- 2019 - 2021 病原細菌の宿主適応とニッチ拡散:定着因子の分子進化から拓く微生物生態学の新展開
- 2018 - 2021 オミックス情報に基づく結核感染制御技術の開発研究
- 2017 - 2020 患者地理情報と病原体遺伝子情報を駆使した結核伝播経路追跡
- 2019 - 2020 結核菌外群種のゲノム解読に基づく分子進化学的解析
- 2015 - 2019 アジア・オセアニアにおける病原性抗酸菌の浸淫度調査
- 2018 - 2019 ルワンダ共和国における小児医療の現況調査および小児保健のためのグローバル疫学連携
- 2015 - 2018 高まん延多剤耐性結核菌株のゲノム解析による高病原因子の探索
- 2017 - 2018 病原性抗酸菌種のゲノム全長解読に基づく分子進化学および分子疫学的解析
- 2017 - 2018 第2回抗酸菌研究会開催支援
- 2017 - 2018 野生動物から分離される大腸菌の腸管付着因子はいかにして宿主適応しているのか
- 2015 - 2018 結核の診断及び治療の強化等に資する革新的な手法の開発に関する研究
- 2015 - 2017 人獣共通感染症としての日本の結核史-歴史学および分子疫学による検証-
- 2013 - 2017 リステリアの食品製造施設への定着要因を探る
- 2016 - 2017 動物感染症例においてゲノム非可塑性を示す抗酸菌種の遺伝的多様性とその応用
- 2014 - 2016 古標本から紐解く結核史と結核分子疫学へのフィードバック
- 2015 - 2016 環境および感染動物からの病原性抗酸菌分離と遺伝学的検討
- 2012 - 2015 結核菌全ゲノム情報の活用は新たな分子疫学像を提供しうるのか
- 2012 - 2015 結核菌臨床分離株における宿主定着・適応因子の究明と遺伝子型別技術の補完
- 2012 - 2015 大阪府に蔓延する多剤耐性結核菌を用いた結核菌感染性マーカーの開発
- 2014 - 2015 結核菌群における宿主スペクトル関連遺伝子群の比較分析
- 2012 - 2015 結核の革新的な診断・治療及び対策の強化に関する研究
- 2013 - 2014 牛型結核菌の宿主適応に関する遺伝的特性と多様性解析
- 2011 - 2014 東アジアにおける成人T細胞白血病1型の起源、進化的変遷、宿主への適応
- 2011 - 2013 東アジアにおける成人T細胞白血病1型の起源、進化的変遷、宿主への適応
- 2010 - 2012 広域的な拡散が懸念される結核菌臨床分離株の疫学情報・ゲノム情報に関する統合的研究
- 2010 - 2012 多様な時系列標本から分離されるヒト結核菌のゲノム情報抽出と分子進化学的検討
- 2010 - 2011 広域的な拡散が懸念される結核菌臨床分離株の疫学情報・ゲノム情報に関する統合的研究
- 2008 - 2009 ゲノム比較および疫学的情報に基づいた結核菌の統合的理解と分子型別監視体制の確立
- 2007 - 2008 結核菌の新規分子疫学的手法MIRU-VNTR法の評価および応用
- 2007 - 2008 結核菌蛋白質MDP1のリボゾーム結合能に由来する翻訳阻害と薬剤耐性機構
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