- 2024/05 - Research Com. 2024-Research.com Biology and Biochemistry in Japan Leader Award
- 2023/05 - Research.com 2023-Research.com Biology and Biochemistry in Japan Leader Award
- 2022/03 - Research Com. Top Scientists Ranking Mikio Nishimura is ranked #523 in the world ranking and also listed #25 in Japan among Top Scientists for 2022 in the area of Biology and Biochemistry.
- 2019 - 日本植物生理学会 Plant Cell Physiology 論文賞
- 2016 - 日本植物生理学会 Plant Cell Physiology 論文賞
- 2013 - 日本植物生理学会 日本植物生理学会賞
- 2006 - 中日新聞社 中日文化賞 植物オルガネラの機能解明
- 2004 - 三菱財団 研究助成 植物における可逆的オルガネラ分化転換の分子機構
- 2003 - 日本植物生理学会 Plant Cell Physiology 論文賞
- 1997 - 日産科学研究財団 研究助成 光によるマイクロボディ機能転換の分子機構
- 1991 - 内藤科学研究財団 内藤記念特定研究費 植物細胞におけるペルオキシソームタンパク質の膜輸送
- 1987 - 日本農芸化学会 農芸化学会研究助成金 マイクロボディ機能転換の機構解明
- 1986 - 日産科学研究財団 研究助成 マイクロボディ変換機構(グリオキシゾームからパーオキシゾーム)の細胞生物学的研究
- 1984 - 日本農芸化学会 農芸化学奨励賞 植物オルガネラに関する細胞生化学的研究
- 1982 - 石田科学経済研究財団 昭和57年度研究助成 光呼吸における緑葉パーオキシゾームの役割の解明
- 1976 - 松永記念科学振興財団 第14回松永研究助成金 ほうれん草葉プロトプラスト系を用いたリブロース-1,5-ジリン酸カルボキシラーゼ(RuDP C-ase) の生合成に関する研究
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