丸山修

マルヤマオサム | Maruyama Osamu

所属機関・部署：
職名：准教授
ホームページURL (1件)： http://www.design.kyushu-u.ac.jp/~maruyama/

研究分野 (3件)：知能情報学 , 情報学基礎論 , 生命、健康、医療情報学

研究キーワード (33件)：アルゴリズム , 学習 , ゲノム , 探索アルゴリズム , ランダム , グラフ , タンパク質 , yeast , 系統情報 , multiple unordered motif , 対数尤度 , シグナル配列 , view , DNAシグナル , プロファイル , 転写因子結合部位 , モチーフ発見 , bit operation , 系統樹 , パターン探索 , 属性創造 , 選択的スプライシング , DNA , 構造モチーフ , 局所情報 , 枝刈り , 類似度 , 制御配列 , 復元 , 発見方式 , バイオインフォマティクス , computational biology , bioinformatics

競争的資金等の研究課題 (20件)：

2021 - 2025 3次元構造言語ゲノムの数理的解析と応用
2019 - 2024 色の感覚意識体験に関連する神経表現の共通性と多様性
2018 - 2023 多階層オミックスによる卵子の発生能制御分子ネットワークの解明
2017 - 2021 混合正則化モデリングを軸としたヘテロ生物データ群からの機械学習の研究
2014 - 2016 大規模バイオデータに対する混合正則化モデリングと最適化サンプリング技法の研究

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論文 (47件)：

Osamu Maruyama, Yinuo Li, Hiroki Narita, Hidehiro Toh, Wan Kin Au Yeung, Hiroyuki Sasaki. CMIC: predicting DNA methylation inheritance of CpG islands with embedding vectors of variable-length k-mers. BMC bioinformatics. 2022. 23. 1. 371-371
Wan Kin Au Yeung, Osamu Maruyama, Hiroyuki Sasaki. A convolutional neural network-based regression model to infer the epigenetic crosstalk responsible for CG methylation patterns. BMC Bioinformatics. 2021. 22. 1. 341-341
丸山修, 松崎芙美子. DegSampler3: Pairwise Dependency Model in Degradation Motif Site Prediction of Substrate Protein Sequences. Proc. of 19th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering. 2019
Natsu Nakajima, Morihiro Hayashida, Jesper Jansson, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu. Determining the minimum number of protein-protein interactions required to support known protein complexes. PLoS ONE. 2018. 13. 4. e0195545
Osamu Maruyama, Fumiko Matsuzaki. DegSampler: Collapsed Gibbs Sampler for Detecting E3 Binding Sites. 18th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, BIBE 2018, Taichung, Taiwan, October 29-31, 2018. 2018. 1-9

MISC (55件)：

Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu. Prediction of Heterotrimeric Protein Complexes by Two-phase Learning Using Neighboring Kernels. 研究報告数理モデル化と問題解決(MPS). 2014. 2014. 26. 1-5
Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu. Prediction of Heterotrimeric Protein Complexes by Two-phase Learning Using Neighboring Kernels. 研究報告バイオ情報学(BIO). 2014. 2014. 26. 1-5
Peiying Ruan, Morihiro Hayashida, Osamu Maruyama, Tatsuya Akutsu. Prediction of Heterodimeric Protein Complexes from Weighted Protein-Protein Interaction Networks Using Novel Features and Kernel Functions. 研究報告バイオ情報学(BIO). 2013. 2013. 1. 1-6
Kusumastuti Widita Chasanah, 丸山修. Predicting Protein Complexes by Sampling More Accurately and Efficiently (情報論的学習理論と機械学習). 電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報. 2013. 113. 286. 99-106
Yukio Yasukochi, Osamu Maruyama, Milind C. Mahajan, Carolyn Padden, Ghia M. Euskirchen, Vincent Schulz, Hideki Hirakawa, Satoru Kuhara, Xing-Hua Pan, Peter E. Newburger, et al. X chromosome-wide analyses of genomic DNA methylation states and gene expression in male and female neutrophils. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA. 2010. 107. 8. 3704-3709

書籍 (2件)：

バイオインフォマティクス -配列データ解析と構造予測- (シリーズ〈予測と発見の科学〉 4)
朝倉書店 2007 ISBN:9784254127843
Bioinformatics - sequence data analysis and structural prediction (in Japanese)
Asakura 2007 ISBN:9784254127843

学歴 (4件)：

- 1996 九州大学総合理工学研究科情報システム学
- 1996 九州大学
- 1991 九州大学理学部物理学科
- 1991 九州大学

学位 (1件)：

博士(理学) (九州大学)

経歴 (4件)：

2007/04 - 現在九州大学准教授
2000/05 - 2007/03 九州大学助教授
1996 - 2000 東京大学助手
1996 - 2000 University of Tokyo, Research Associate

受賞 (1件)：

1994 - 電気通信普及財団第9回テレコムシステム技術学生賞

所属学会 (3件)：

電子情報通信学会 , International Society for Computational Biology , 日本バイオインフォマティクス学会

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