- 2015 - 2018 「擬天然RNA構造デザイン」によるRNA超ナノ構造の人工集積と機能発現
- 2011 - 2016 人工遺伝子回路の機能向上のための進化分子工学による生体分子の改良
- 2013 - 2015 天然ラージ・リボザイムを用いたシグナル多重増幅・並列処理RNAデバイスの創成
- 2011 - 2014 RNAモジュール工学によるリボスイッチ(RNAスイッチ)の機能解析と高次人工制御
- 2011 - 2013 ペプチドとの複合化とRNAモチーフの創成によるモチーフ集積型RNA酵素の機能創発
- 2011 - 2013 ピロール環の回転を基軸とするNー混乱ポルフィリノイドのバイオ展開
- 2009 - 2010 RNAモチーフ集積型リボザイムを基盤とする動的分子システムの構築
- 2007 - 2009 生命進化における原始RNPネットワーク・モデルの人工再構成
- 2006 - 2008 機能性RNA創製の革新的新手法の確立と展開:分子デザインと進化工学の融合
- 2005 - 2006 分子デザインと人工進化の複合法で得られた新規リボザイムの更なる高機能化
- 2003 - 2004 リボザイムからRNA-蛋白質複合体への進化プロセスのモデル化
- 2003 - 2004 Volvoxの多細胞体制構築機構の解明を目指したMicroRNAの網羅的解析
- 2001 - 2002 グループエイントロン・リボザイム(RNA酵素)の触媒機構の解明
- 1997 - 1998 リボザイム(RNA酵素)を活性化するタンパク質因子の作成とその機能解析
- 1996 - 1996 RNA酵素(リボザイム)の活性を制御するRNA因子の作成とその機能解析
- RNAの立体構造に基づく機能発現の解析と人工デザイン
- Study on RNA enzyme
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