- 2023 - 2026 アフリカ三大古代湖におけるシクリッド科魚類の適応放散を駆動した摂餌形態と機能
- 2019 - 2025 世界自然遺産・マラウィ湖国立公園における貴重な自然と調和した持続可能な地域開発モデルの構築
- 2021 - 2024 種間比較に基づくカワスズメ科魚類の兄弟間対立を取り巻く生活史進化の解明
- 2018 - 2022 アフリカの二つの古代湖におけるシクリッド科魚類の摂食戦略の多様化と多種共存機構
- 2019 - 2021 日本の「食環境」の変遷にPIXE分析で迫る〜江戸時代に出版された和装本に漉き込まれた毛髪を活用して〜
- 2018 - 2021 陸上生態系における小型サンショウウオ類の生態的地位
- 2020 - 2021 沖縄県内の海草藻場における環境DNAの分析によるジュゴンの生息確認
- 2019 - 2021 古書籍に混入した毛髪の安定同位体分析による過去の食生活の推定
- 2015 - 2020 琵琶湖を中心とする循環型自然・社会・文化環境の総合研究 -Satoyamaモデルによる地域・循環政策の新展開-
- 2016 - 2019 絶滅危惧種であり国内外来種である魚食魚ハスを、原産地で増やし侵入先で減らすには?
- 2015 - 2019 アフリカ漁民文化の比較研究-水域環境保全レジームの構築に向けて-
- 2016 - 2019 環境DNAを用いた陸水生態系種構成と遺伝的多様性の包括的解明手法の確立と実践
- 2013 - 2019 環境DNA分析に基づく魚類群集の定量モニタリングと生態系評価手法の開発
- 2017 - 2018 河川の瀬切れが回遊魚類の個体群サイズの維持に及ぼす影響
- 2015 - 2018 粘液の安定同位体比分析で食性変化や移動をタイムラグなく把握する技術の確立
- 2013 - 2018 安定同位体比分析を用いた河川-農業排水路ネットワークにおける魚類の移動分散の解明
- 2015 - 2016 多元素同位体分析指標を用いた日本産小型サンショウウオ類の生態系機能の多様性の解明
- 2013 - 2015 環境DNA分析によるシクリッド魚類群集の多様性把握
- 2012 - 2015 水田の生物がもたらす生態系サービスの賢い利用を導く技術と社会の総合研究
- 2012 - 2014 実証的群集生態学に革新をもたらす環境DNA分析手法の確立
- 2010 - 2012 複雑食物網の構築・解析による生物群集維持機構の解明
- 2003 - 2007 琵琶湖ー淀川水系における流域管理モデルの構築
- 2005 - 2007 富栄養化による食物連鎖長の変化に注目した水域生態系の健全性評価法の確立
- 2005 - 2006 流量変動が川床の礫挙動に及ぼす効果:ダム放流量と下流川床微生息場所の関連性の予見
- 2003 - 2005 寒・温・熱帯湖沿岸帯における生食・腐食連鎖網の比較
- 2003 - 2004 溶存酸素環境の変化に対する魚類群集の応答とその波及効果
- 熱帯アジアの環境変化と感染症
- 里山の現代的利用に関する総合研究
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