- 2018/05 - 認定特定非営利活動法人日本IDDMネットワーク 第1回山田和彦賞
- 2018/03 - 日本放送協会 第69回日本放送協会放送文化賞
- 2015/11 - フランス科学アカデミー フランス科学アカデミー外国人会員 選出
- 2015/10 - 米国医学アカデミー 米国医学アカデミー国際会員 選出
- 2015/09 - カリフォルニア大学サンフランシスコ校 UCSF 150th Anniversary Alumni Excellence Awards
- 2015/02 - Glaucoma Research Foundation The Visionary Award by Glaucoma Research Foundation
- 2014/07 - 新経済連盟 新経済連盟イノベーション大賞2014
- 2014/06 - ロックフェラー大学 Honorary degree by the Rockefeller University
- 2013/12 - 日本学士院 日本学士院 会員選出
- 2013/11 - Japan Society of Northern California World Visionary Award
- 2013/09 - 京都府 京都府医師会特別栄誉賞
- 2013/06 - 京都大学 平成25年度京都大学孜孜賞
- 2013/04 - Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) Association Golden West Chapter “Commitment to a Cure” Award
- 2013/02 - Milner Foundation 2013 Breakthrough Prize in Life Sciences
- 2012/12 - ノーベル財団 ノーベル生理学・医学賞
- 2012/11 - 日本政府 文化勲章
- 2012/04 - フィンランド技術賞財団 ミレニアム技術賞
- 2011/10 - マサチューセッツ総合病院 ウォレン・トリエニアル賞
- 2011/06 - 国際幹細胞学会 ISSCR マキュアン・センター・イノベーション賞
- 2011/06 - 日本ボストン協会 2011 Distinguished Leadership Award, Japan Society of Boston
- 2011/06 - BBVA財団 BBVA財団Frontiers of Knowledge Awards生物医学部門賞
- 2011/05 - ウルフ財団 ウルフ賞
- 2011/05 - 米国科学アカデミー 米国科学アカデミー外国人会員 選出
- 2011/05 - アルバニー・メディカル・センター アルバニー・メディカル・センター賞
- 2011/03 - キング・ファイサル財団 キング・ファイサル国際賞
- 2010/11 - バルザン財団 バルザン賞
- 2010/11 - 稲盛財団 第26回(2010)京都賞 先端技術部門
- 2010/11 - 日本政府 平成22年度 文化功労者 顕彰
- 2010/11 - 日本医師会 平成22年度 日本医師会医学賞
- 2010/06 - 日本学士院 平成22年度日本学士院 恩賜賞・日本学士院賞
- 2010/05 - 日本整形外科学会 社団法人 日本整形外科学会 特別学術会員賞
- 2010/05 - マーチ・オブ・ダイムズ財団 マーチ・オブ・ダイムズ賞
- 2009/10 - ガードナー財団 ガードナー国際賞
- 2009/10 - ラスカー財団 ラスカー賞
- 2009/04 - 日経BP社 日経BP技術賞 読者大賞
- 2009/03 - ブランディーズ大学 第38回ローゼンスティール賞
- 2009/03 - 日本薬理学会 第2回日本薬理学会 江橋節郎賞
- 2009/03 - 上原記念生命科学財団 平成20年度上原賞
- 2009/02 - 島津科学技術振興財団 平成20年度島津賞
- 2008/11 - 一般財団法人材料科学技術振興財団 第8回(平成20年度)一般財団法人材料科学技術振興財団 山﨑貞一賞
- 2008/11 - 京都新聞社 京都新聞大賞 文化学術賞
- 2008/11 - 南カリフォルニア大学 マスリー賞
- 2008/11 - ロベルト・コッホ財団 ロベルト・コッホ賞
- 2008/11 - 日本政府 平成20年秋の紫綬褒章
- 2008/11 - 武田科学振興財団 2008年度 武田医学賞
- 2008/10 - 米国皮膚科学会 American Skin Association 10th Annual Gala, 2008 Lifetime Scientific Achievement Award
- 2008/09 - 京都府/京都市 京都創造者大賞2008 特別賞
- 2008/09 - ショウ賞財団 2008年ショウ賞
- 2008/07 - 三共生命科学研究振興財団 第6回高峰記念三共賞
- 2008/05 - 中日新聞社 第61回(平成20年)中日文化賞
- 2008/04 - 文部科学省 平成20年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰 科学技術特別賞
- 2008/04 - 日経BP社 2008年 日経BP技術賞大賞
- 2008/02 - 井上科学振興財団 第24回(平成19年度)井上学術賞
- 2008/01 - 朝日新聞社 2007年度朝日賞
- 2007/11 - ドイツがん研究センター マイエンブルク賞
- 2007/11 - 大阪科学技術センター 第25回大阪科学賞
- 2007/04 - 日経BP社 日経BP技術賞
- 2007/03 - 日本学術振興会 第3回(平成18年度)日本学術振興会賞
- 2006/12 - 科学技術政策研究所 科学技術への顕著な貢献 in 2006(ナイス ステップな研究者)
- 2004/04 - 東京テクノフォーラム21 東京テクノフォーラム21賞 第10回ゴールド・メダル賞
- 2003/07 - 奈良先端科学技術大学院大学 NAIST学術賞
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