蛍光消滅プローブによる定量競合PCRによる土壌中のジャガイモそうか病菌の定量

MANOME A.; MANOME A.; KAGEYAMA A.; KAGEYAMA A.; KURATA S.; KURATA S.; YOKOMAKU T.; KOYAMA O.; KANAGAWA T.; TAMAKI H.; TAGAWA M.; KAMAGATA Y.; KAMAGATA Y.

文献

J-GLOBAL ID：200902242275490003 整理番号：08A1097954

蛍光消滅プローブによる定量競合PCRによる土壌中のジャガイモそうか病菌の定量

Quantification of potato common scab pathogens in soil by quantitative competitive PCR with fluorescent quenching-based probes

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資料名：
巻： 57 号： 5 ページ： 887-896 発行年： 2008年10月
JST資料番号： B0446B ISSN： 0032-0862 CODEN： PLPAA 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

土壌中の病原性Streptomyces属菌の迅速かつ正確な定量用の蛍光消滅プローブを用いた競合リアルタイムPCR法(定量競合消滅プローブPCR:QCOP-PCR)を開発した。病原性Streptomyces属菌の病原性遺伝子nec1をQCOP-PCRの標的とし,増幅用の特異的プライマー対と,nec1増幅体と特異的にハイブリダイズする蛍光標識プローブを設計した。nec1増幅体と同じでプローブとのハイブリダイズ領域に4塩基誤りのある内部標準DNA(IS DNA)と,変異領域でIS DNAと特異的にハイブリダイズする蛍光標識プローブを合成した。標的のnec1遺伝子は特異的プライマーの存在下で同じプライマーセットを用いてPCRにより既知のコピー数のIS DNAとともに増幅した。PCR産物を各プローブの蛍光消滅を測定してリアルタイムでモニターし,nec1遺伝子の当初の量は同じPCRサイクルでのPCR産物の比率で測定した。QCOP-PCRでは供試土壌試料中にPCR阻害物があってもnec1遺伝子の詳細な定量ができた。1チューブあたりの定量限界は20コピーで,乾土1gあたり1,500コピーに相当し,全部の作業は5時間で終了した。

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細菌による植物病害 , いも類 , 土壌生物 , 微生物検査法

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