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J-GLOBAL ID：200902255050419509   整理番号：09A1196237

フラグメント分子軌道法に基づくプリオン蛋白質の理論研究

Theoretical Study of the Prion Protein Based on the Fragment Molecular Orbital Method

著者 (6件)： ISHIKAWA Takeshi (Gifu Univ., Gifu, JPN) ,  ISHIKAWA Takeshi (JST-CREST, Saitama, JPN) ,  ISHIKURA Takakazu (Gifu Univ., Gifu, JPN) ,  ISHIKURA Takakazu (JST-CREST, Saitama, JPN) ,  KUWATA Kazuo (Gifu Univ., Gifu, JPN) ,  KUWATA Kazuo (JST-CREST, Saitama, JPN)
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 30  号： 16  ページ： 2594-2601  発行年： 2009年12月30日 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 最近,著者らはプリオン蛋白質(PrP)の細胞型(PrP^C)からスクレイピー型(PrP^Sc)への変換を効率的に抑制する,GN8と命名された2-ピロリジン-1-イル-N-[4-[4-(2-ピロリジン-1-イル-アセチルアミノ)-ベンジル]-フェニル]-アセトアミドを合理的に薬物設計した。ここで,フラグメント分子軌道(FMO)法に基づく量子力学的計算を行い,プリオン病の潜在的治療薬であるGN8とPrP^Cの分子間相互作用を調べた。最初に,複合体の相互作用エネルギーに及ぼす基底関数重ね合せ誤差(BSSE)の影響を,釣合補正(CP)法によって検討した。FMO法から得られた相互作用エネルギーのBSSEは,定量的考察に無視できなかった。分子動力学シミュレーションから選ばれた20構造について,構造ゆらぎの影響を調べた。相互作用エネルギーの変動の範囲は,約30kcal/molであった。BSSEを補正した20構造で,PrPとGN8の分子間相互作用を解析した。4アミノ酸残基,N159,Q160,K194,E196,は複合体の架橋構造に重要であった。このような分子間相互作用の情報は,プリオン病の治療のためにGN8化学構造の最適化過程にとって有用である。

シソーラス用語： 分子軌道法 ,  *プリオンタンパク質 ,  スクレイピー ,  分子間相互作用 ,  計算機プログラム ,  Hartree-Fock法 ,  ゆらぎ ,  計算機シミュレーション ,  静電エネルギー ,  *分子エネルギー ,  *タンパク質複合体 ,  立体配座 ,  全エネルギー ,  MP法 ,  BSSE ,  補正 ,  アミノ酸残基 ,  最適化 ,  ヒツジの病気 ,  脂環式化合物 ,  窒素複素環化合物 ,  カルボアミド
準シソーラス用語： Moeller-Plesset摂動論 ,  フラグメント分子軌道法 ,  基底関数重合せ誤差 ,  設計最適化 ,  釣合補正 ,  分子動力学シミュレーション

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

物質索引 (1件)： N,N′-[メチレンビス(1,4-フェニレン)]ビス(ピロリジン-1-アセトアミド)

タイトルに関連する用語 (4件)： フラグメント分子軌道法 ,  プリオン蛋白質 ,  理論 ,  研究