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J-GLOBAL ID：200902281502331230   整理番号：09A0494792

顕在する水分子中のポリペプチド立体配座サンプリングにおけるマルチカノニカル分子動力学のトリビアル並列化の検証

Verifying trivial parallelization of multicanonical molecular dynamics for conformational sampling of a polypeptide in explicit water

著者 (5件)： HIGO Junichi (The Center for Advanced Medical Engineering and Informatics, Osaka Univ., Open Laboratories for Advanced Bioscience ...) ,  KAMIYA Narutoshi (The Center for Advanced Medical Engineering and Informatics, Osaka Univ., Open Laboratories for Advanced Bioscience ...) ,  SUGIHARA Takanori (Next-Generation Supercomputer R&D Center, RIKEN, 2-1-1 Marunouchi, Chiyoda, Tokyo 100-0005, JPN) ,  YONEZAWA Yasushige (Inst. for Protein Res., Osaka Univ., Suita, Osaka 565-0871, JPN) ,  NAKAMURA Haruki (Inst. for Protein Res., Osaka Univ., Suita, Osaka 565-0871, JPN)
資料名： Chemical Physics Letters  (Chemical Physics Letters)
巻： 473  号： 4-6  ページ： 326-329  発行年： 2009年05月12日 
JST資料番号： B0824A  ISSN： 0009-2614  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マルチカノニカル分子動力学(McMD)シミュレーションは増強立体配座サンプリング法であるが,さらにサンプリングを加速するために多重McMDトラジェクトリーを1つにトリビアル統合するトラジェクトリー並列化法を研究した。この方法ではノード計算コミュニケーションの大幅な減少が可能であり,顕在する水分子中の7-残基ペプチドの立体配座サンプリングに適用した。物理量は広い温度範囲の長いMcMDシミュレーションに収束し,統合によって長いシミュレーションなしにカノニカルアンサンブルを発生させることができた。提案方法は大規模並列化による顕在する水分子中の長いポリペプチド(蛋白質)の折り畳み研究に有効なものと考察した。Copyright 2009 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *ポリペプチド ,  *立体配座 ,  並列化 ,  標本抽出 ,  配座解析 ,  *分子動力学 ,  トラジェクトリー ,  ノード法 ,  *計算機シミュレーション ,  水分子 ,  折畳み構造 ,  収束 ,  エネルギー分布 ,  温度依存性 ,  統合
準シソーラス用語： マルチカノニカル分子動力学 ,  分子動力学シミュレーション

分類 (3件)： 物理化学一般  (CB01010X) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  数値計算  (JE02000J)

タイトルに関連する用語 (8件)： 水分子 ,  ペプチド立体配座 ,  サンプリング ,  マルチカノニカル分子動力学 ,  トリ ,  ビアル ,  並列化 ,  検証