特許
J-GLOBAL ID：200903007298632853
Gタンパク共役型受容体判別装置、判別方法、判別プログラム及びそのプログラムを記録した記録媒体
発明者：
,
出願人/特許権者：
代理人 (3件)：
三枝 英二
, 掛樋 悠路
, 松本 公雄
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2004-176965
公開番号（公開出願番号）：特開2006-003970
出願日： 2004年06月15日
公開日（公表日）： 2006年01月05日
要約：
【課題】 タンパク質がGタンパク共役型受容体であるか否かを精度よく判別可能な装置を提供すること。 【解決手段】 タンパク質のアミノ酸配列データを、アミノ酸のクラス毎の識別子で表した識別子配列データに変換する配列変換手段(6)、識別子配列データを分割し、生成されたフラグメントの総数に対する各々のフラグメントの数の割合としてフラグメント頻度を求める頻度算出手段(7)、タンパク質の残基数、疎水性指標及び頻度から特徴ベクトルを生成する特徴ベクトル生成手段(8)、複数のタンパク質の特徴ベクトル及びGタンパク共役型受容体であるか否かを表すGタンパク共役型受容体変数を用い、サポートベクターマシンによりGタンパク共役型受容体判別モデルを生成する判別モデル生成手段(9)、及び判別対象の特徴ベクトル及び前記Gタンパク共役型受容体判別モデルを用いて判別対象がGタンパク共役型受容体か否かを判別する判別手段(10)を備える。【選択図】 図1
請求項（抜粋）：
タンパク質のアミノ酸配列データを、アミノ酸の属するクラス毎に付与された識別子で表した配列である識別子配列データに変換する配列変換手段と、
前記識別子配列データを分割し、所定の識別子数の長さの複数のフラグメントを生成し、生成された前記フラグメントの総数に対する各々の前記フラグメントの数の割合として各々の前記フラグメントの頻度を求める頻度算出手段と、
前記タンパク質の残基数、疎水性指標及び複数の前記頻度から特徴ベクトルを生成する特徴ベクトル生成手段と、
複数のタンパク質の各々に関する前記特徴ベクトル及びGタンパク共役型受容体であるか否かを表すGタンパク共役型受容体変数を用いて、サポートベクターマシンによってGタンパク共役型受容体判別モデルを生成する判別モデル生成手段と、
判別対象のタンパク質に関する特徴ベクトル及び前記Gタンパク共役型受容体判別モデルを用いて判別対象のタンパク質がGタンパク共役型受容体であるか否かを判別する判別手段とを備えることを特徴とするGタンパク共役型受容体判別装置。
IPC (2件)：
FI (2件)：
G06F19/00 600
, G06F17/30 170F
