蛋白質データベース・システム並びに蛋白質の機能および機能部位の推定方法

発明者： , ,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：長澤俊一郎 (外1名)
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願平8-203575
公開番号（公開出願番号）：特開平10-045795
出願日： 1996年08月01日
公開日（公表日）： 1998年02月17日
要約：

【要約】【課題】機能未知の蛋白質のアミノ酸配列をオリゴペプチドに分解してデータベースを検索することにより、ホモロジー・サーチで推定できなかった機能未知の蛋白質に対しても機能および機能部位の推定を行えるようにすること。【解決手段】入力されたアミノ酸配列を手段1によりある長さのオリゴペプチドに分解し、蛋白質データベース2にアクセスして、頻度解析手段4により上記オリゴペプチドの出現頻度を解析する。そして、その出現頻度を出力手段4によりグラフ表示する。また、上記オリゴペプチドを持つ蛋白質のデータ、出現頻度の高いオリゴペプチドを持つ蛋白質の名前/機能、出現頻度が低いオリゴペプチドを持つ蛋白質の名前/機能、あるいは、出現瓶度ゼロのオリゴペプチドを、蛋白質データベース2から蛋白質のデータ抽出手段3により抽出し、出力手段4に表示する。

請求項（抜粋）：

蛋白質のアミノ酸配列を入力とし、ある長さのオリゴペプチドに分解する手段と、蛋白質データベースにアクセスし、上記オリゴペプチドの頻度解析を行う手段と、頻度解析結果をグラフ表示する手段とを備えたことを特徴とする蛋白質データベース・システム。

IPC (4件)：

C07K 1/00 , G01N 33/48 , G01N 33/68 , G06F 17/30

FI (4件)：

C07K 1/00 , G01N 33/48 Z , G01N 33/68 , G06F 15/40 370 F

引用特許：

審査官引用 (3件)

特開平4-075582
文字配列検索方法
公報種別：公開公報出願番号：特願平6-177989 出願人：株式会社日立製作所
文字配列検索方法
公報種別：公開公報出願番号：特願平6-247507 出願人：株式会社日立製作所

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