特許
J-GLOBAL ID：200903015339697194
遺伝子発現プロファイルの作製方法
発明者：
出願人/特許権者：
代理人 (9件)：
中村 稔
, 大塚 文昭
, 熊倉 禎男
, 宍戸 嘉一
, 今城 俊夫
, 小川 信夫
, 村社 厚夫
, 西島 孝喜
, 箱田 篤
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2003-174895
公開番号（公開出願番号）：特開2005-006554
出願日： 2003年06月19日
公開日（公表日）： 2005年01月13日
要約：
【課題】精度の高い遺伝子発現プロファイルを作製する方法を提供する。【解決手段】HiCEP法のPCR工程において、プライマーの鋳型へのアニーリングをプライマーのTmMAX+6°C〜TmMAX+14°Cの温度で行う。
請求項（抜粋）：
遺伝子発現プロファイルを作製する方法であって、
(a)ポリ(A)RNAを鋳型として一本鎖cDNAを合成する工程であって、該一本鎖cDNAを基準として5’末端にタグ物質が付加された一本鎖cDNAを合成する工程、
(b)工程(a)で合成された一本鎖cDNAを鋳型として二本鎖cDNAを合成する工程であって、該二本鎖cDNAを基準として3’末端側にタグ物質が付加された二本鎖cDNAを得る工程、
(c)工程(b)で得られた二本鎖cDNAを第1の制限酵素Xで切断する工程、
(d)該タグ物質に高親和性を有する物質を用いて、工程(c)で得られた断片から該タグ物質が付加している断片を回収する工程、
(e)工程(d)で回収された断片の第1の制限酵素Xによる切断部位へ、該切断部位の配列に相補的な配列及びXプライマーに相補的な配列を含むXアダプターを結合させて、二本鎖cDNAを基準として5’末端側にXアダプターが結合している断片を得る工程、
(f)工程(e)で回収された断片を、該Xアダプターを切断しない第2の制限酵素Yで切断する工程、
(g)該タグ物質に高親和性を有する物質を用いて、工程(f)で得られた断片から該タグ物質が結合している断片を取り除くことにより、二本鎖cDNAを基準として3’末端側に第2の制限酵素Yによる切断部位を含む断片を回収する工程、
(h)工程(g)で回収された断片の第2の制限酵素Yによる切断部位へ、該切断部位の配列に相補的な配列及びYプライマーに相補的な配列を含むYアダプターを結合させて、二本鎖cDNAを基準として3’末端側にYアダプターが結合している二本鎖配列の断片を得る工程、
(i)該Xアダプターの配列に相補的な配列を含むXプライマーであって、該Xプライマーを基準として3’末端に2塩基配列であるN1N2(N1及びN2は同一又は異なっていてもよい、アデニン、チミン、グアニン及びシトシンからなる群より選ばれる塩基である)を含むXプライマーと、該Yアダプターの配列に相補的な配列を含むYプライマーであって、該Yプライマーを基準として3’末端に2塩基配列であるN3N4(N3及びN4は同一又は異なっていてもよい、アデニン、チミン、グアニン及びシトシンからなる群より選ばれる塩基である)を含むYプライマーとからなるプライマーセットを用いて、工程(h)で得られた二本鎖配列の断片を鋳型としてPCR反応を行う工程、及び、
(j)得られたPCR産物を電気泳動し、その移動距離及びピークを検出することにより遺伝子発現プロファイルを作製する工程、
を含み、
工程(i)において、
Xプライマー及びYプライマーのそれぞれXアダプター及びYアダプターへのアニーリングを、プライマーのTmMAX+6°C〜TmMAX+14°Cの温度で行うこと
を特徴とする方法。
IPC (2件)：
FI (2件)：
Fターム (32件)：
4B024AA11
, 4B024CA04
, 4B024CA05
, 4B024CA06
, 4B024CA09
, 4B024CA11
, 4B024GA18
, 4B024HA08
, 4B024HA09
, 4B024HA12
, 4B024HA14
, 4B063QA01
, 4B063QA18
, 4B063QQ08
, 4B063QQ42
, 4B063QR08
, 4B063QR14
, 4B063QR32
, 4B063QR35
, 4B063QR41
, 4B063QR42
, 4B063QR55
, 4B063QR62
, 4B063QR66
, 4B063QR77
, 4B063QR82
, 4B063QS12
, 4B063QS16
, 4B063QS25
, 4B063QS34
, 4B063QS36
, 4B063QX02
