酵母DSK2のユビキチン結合ドメインとモノユビキチンとの複合体の構造的特徴および酵母DSK2のユビキチン結合ドメインによるモノユビキチン認識機構

発明者： , ,
出願人/特許権者： ,
代理人 (2件)：間山世津子 , 野村健一
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2004-231652
公開番号（公開出願番号）：特開2006-042732
出願日： 2004年08月06日
公開日（公表日）： 2006年02月16日
要約：

【課題】ユビキチン結合ドメインのユビキチン認識機構の原子レベルでの解析を行うこと。【解決手段】ユビキチン結合ドメインとユビキチンとの複合体の立体構造を予測する方法であって、(i)表Aの原子座標により規定される三次元構造からの距離に関する根平均二乗偏差が、酵母DSK2のC末端側の残基番号328〜373の領域であるユビキチン結合ドメイン及びモノユビキチンの残基番号1〜71の領域について、主鎖を構成する原子に関しては0.34オングストロームであり、全ての原子に関しては0.99オングストロームである原子座標により規定される酵母DSK2のユビキチン結合ドメインとモノユビキチンとの複合体又はその一部の三次元構造を用意する工程、及び(ii)(i)の工程で用意した三次元構造を鋳型とするホモロジーモデリングにより、ユビキチン結合ドメインを含むタンパク質とユビキチンとの複合体の三次元構造を構築する工程を含む前記方法。【選択図】図3

請求項（抜粋）：

ユビキチン結合ドメインを含むタンパク質とユビキチンとの複合体の立体構造を予測する方法であって、 (i)表Aに示される酵母DSK2のC末端側の残基番号328〜373の領域であるユビキチン結合ドメインと76個のアミノ酸残基からなるモノユビキチンとの複合体を構成する原子の原子座標、または表Aの原子座標により規定される三次元構造からの距離に関する根平均二乗偏差が、酵母DSK2のC末端側の残基番号328〜373の領域であるユビキチン結合ドメイン及びモノユビキチンの残基番号1〜71の領域について、主鎖を構成する原子に関しては0.34オングストロームであり、全ての原子に関しては0.99オングストロームである原子座標により規定される酵母DSK2のユビキチン結合ドメインとモノユビキチンとの複合体又はその一部の三次元構造を用意する工程、及び (ii)(i)の工程で用意した三次元構造を鋳型とするホモロジーモデリングにより、ユビキチン結合ドメインを含むタンパク質とユビキチンとの複合体の三次元構造を構築する工程を含む前記方法。

IPC (11件)：

C12N 15/09 , C07K 14/39 , C07K 16/14 , C07K 19/00 , C12N 1/15 , C12N 1/19 , C12N 1/21 , C12P 21/02 , G01N 33/15 , G01N 33/50 , C12N 5/10

FI (11件)：

C12N15/00 A , C07K14/39 , C07K16/14 , C07K19/00 , C12N1/15 , C12N1/19 , C12N1/21 , C12P21/02 C , G01N33/15 Z , G01N33/50 Z , C12N5/00 A

Fターム (25件)：

2G045AA34 , 2G045DA36 , 2G045FB03 , 2G045JA01 , 4B024AA01 , 4B024BA80 , 4B024DA06 , 4B024HA17 , 4B064AG01 , 4B064CA19 , 4B064CC24 , 4B064DA01 , 4B065AA26X , 4B065AA72Y , 4B065AB01 , 4B065BA02 , 4B065CA24 , 4B065CA44 , 4H045AA10 , 4H045AA20 , 4H045BA10 , 4H045BA41 , 4H045CA15 , 4H045EA20 , 4H045FA74

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