一塩基変異体の検出方法

発明者： , , , ,
出願人/特許権者：
代理人 (3件)：平木祐輔 , 石井貞次 , 藤田節
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2007-168169
公開番号（公開出願番号）：特開2009-005592
出願日： 2007年06月26日
公開日（公表日）： 2009年01月15日
要約：

【課題】検出対象とする一本鎖DNA試料の性状に左右されることなく、ウィークアフィニティーキャピラリー電気泳動法において一塩基多型又は変異の検出に使用可能な一本鎖核酸試料を作製する。【解決手段】SNPの検出対象となる塩基変異部位を含む鋳型核酸を、該塩基変異部位を挟むようにアニーリング可能であり、該鋳型核酸と相同な10〜25塩基の配列と、その上流に、3〜10塩基のループ形成配列、該10〜25塩基の配列と相補的でかつ二本鎖形成可能な5〜15塩基の配列、及び1〜15塩基のミスマッチ塩基とを順番に含む正方向プライマー及び逆方向プライマーを用いて、PCR増幅するステップを含む、一本鎖DNA断片の製造方法、並びに、該方法により作製される一本鎖DNA断片を利用して生物試料中のSNPを検出する方法。【選択図】図7

請求項（抜粋）：

2つのステムループ構造を有する一本鎖DNA断片の作製方法であって、以下のステップ: (a)一塩基変異(SNP)の検出対象となる塩基変異部位を含む生物試料由来の鋳型核酸を準備するステップ; (b)前記塩基変異部位を挟むように前記鋳型核酸にアニーリング可能な正方向プライマー及び逆方向プライマーからなるプライマーセットであって、以下の特徴: (i)正方向プライマーは、前記核酸のセンス鎖配列と相同な10〜25塩基の配列と、その上流に、3〜10塩基のループ形成配列、該10〜25塩基の配列と相補的でかつ二本鎖形成可能な5〜15塩基の配列、及び1〜15塩基のミスマッチ塩基とを順番に含む塩基配列からなる、 (ii)逆方向プライマーは、前記核酸のアンチセンス鎖配列と相同な10〜25塩基の配列と、その上流に、3〜10塩基のループ形成配列、該10〜25塩基の配列と相補的でかつ二本鎖形成可能な5〜15塩基の配列、及び1〜15塩基のミスマッチ塩基とを順番に含む塩基配列からなる、 (iii)前記正方向プライマー又は逆方向プライマーのいずれか一方は、その5'末端がリン酸化されている、を有する前記プライマーセット用いて、前記鋳型核酸をポリメラーゼ連鎖反応(PCR)により増幅するステップ; (c)増幅産物をエクソヌクレアーゼで処理して、5'末端リン酸化鎖を分解するステップ;並びに (d)分解したDNA断片とエクソヌクレアーゼとを除去し、前記一本鎖DNA断片を回収するステップ; を含む、前記方法。

IPC (2件)：

C12N 15/09 , C12Q 1/68

FI (2件)：

C12N15/00 A , C12Q1/68 A

Fターム (27件)：

4B024AA07 , 4B024AA11 , 4B024CA01 , 4B024CA09 , 4B024HA08 , 4B024HA12 , 4B063QA01 , 4B063QA17 , 4B063QA18 , 4B063QQ04 , 4B063QQ07 , 4B063QQ42 , 4B063QR08 , 4B063QR32 , 4B063QR42 , 4B063QR50 , 4B063QR55 , 4B063QR62 , 4B063QR73 , 4B063QR76 , 4B063QS03 , 4B063QS16 , 4B063QS25 , 4B063QS28 , 4B063QS34 , 4B063QS36 , 4B063QX02

引用特許：

出願人引用 (2件)

ポリヌクレオチドの一塩基多型あるいは変異の有無の判定方法
公報種別：公開公報出願番号：特願2003-410353 出願人：大日本インキ化学工業株式会社
PNAおよび一本鎖核酸切断ヌクレアーゼを用いた一塩基多型を含む核酸内の変異の非標識検出方法
公報種別：公開公報出願番号：特願2002-190070 出願人：小宮山真

審査官引用 (1件)

光学的特性の測定による核酸増幅産物の検出方法
公報種別：公開公報出願番号：特願2000-383650 出願人：栄研化学株式会社

引用文献：

審査官引用 (4件)

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