一塩基変異体の検出方法

発明者： , , , ,
出願人/特許権者：
代理人 (3件)：平木祐輔 , 石井貞次 , 藤田節
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2007-204552
公開番号（公開出願番号）：特開2009-038983
出願日： 2007年08月06日
公開日（公表日）： 2009年02月26日
要約：

【課題】検出対象とする一本鎖DNA試料に応じて、ウィークアフィニティーキャピラリー電気泳動手法において一塩基変異体の検出を可能にする電気泳動条件を設定する。【解決手段】緩衝液中に含まれる金属イオンの濃度、及びかかる金属イオン濃度下で一本鎖DNA試料が二次構造を生じない泳動温度を予め設定しておき、正常体(又は一塩基変異体)の塩基変異部位を含む部分配列とハイブリダイズすべきアフィニティーリガンドの長さを調節する。【選択図】図2

請求項（抜粋）：

一塩基変異(SNP)を検出又は測定する方法であって、正常体及び一塩基変異体からなる一本鎖DNA試料、並びに/又はその他の核酸を含む試料を、正常体又は一塩基変異体の一塩基変異部位を含む部分配列に完全に相補的な相補核酸断片と水溶性高分子との複合体を充填したキャピラリー管を介して、キャピラリー電気泳動を実施することを含み、該方法を、以下のステップ: (a)泳動緩衝液中に含まれるアルカリ土類金属イオン及び/又はアルカリ金属イオンからなる金属イオンの濃度を設定するステップ; (b)ステップ(a)で設定した金属イオン濃度において、一塩基変異体及び正常体の熱安定性の最も高いホールディング構造の融解温度(Tfold)を決定し、前記泳動温度を、該融解温度(Tfold)より高い温度に設定するステップ;並びに (c)前記金属イオン濃度及び温度条件下で、正常体又は一塩基変異体のいずれかと前記複合体から形成される二重鎖の解離定数Kdが下記の式1:

IPC (2件)：

C12Q 1/68 , C12N 15/09

FI (2件)：

C12Q1/68 Z , C12N15/00 A

Fターム (12件)：

4B024AA11 , 4B024BA07 , 4B024CA02 , 4B024CA05 , 4B024HA11 , 4B063QA13 , 4B063QA18 , 4B063QQ44 , 4B063QQ61 , 4B063QR32 , 4B063QR41 , 4B063QS16

引用特許：

出願人引用 (2件)

ポリヌクレオチドの一塩基多型あるいは変異の有無の判定方法
公報種別：公開公報出願番号：特願2003-410353 出願人：大日本インキ化学工業株式会社
PNAおよび一本鎖核酸切断ヌクレアーゼを用いた一塩基多型を含む核酸内の変異の非標識検出方法
公報種別：公開公報出願番号：特願2002-190070 出願人：小宮山真

引用文献：

審査官引用 (7件)

React. Funct. Polym., 20070728, Vol.67, p.1373-1380
Electrophoresis, 2002, Vol.23, p.2267-2273
日本化学会講演予稿集, 2006, Vol.86th, No.2, p.946, 4 G6-35

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