配列決定を行なわないでサンプル中のDNA配列を同定、分類または定量する方法及び装置

発明者： , ,
出願人/特許権者：
代理人 (1件)：平木祐輔 (外1名)
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願平9-516817
公開番号（公開出願番号）：特表2000-500647
出願日： 1996年10月24日
公開日（公表日）： 2000年01月25日
要約：

【要約】本発明は、混合サンプル中のまたはアレイ化(arrayed)単一配列クローン中の生物に由来するDNA配列を、塩基配列決定を行わずに決定し分類できる方法を提供する。この方法は、サンプル配列を決定するために、慎重に選択した標的サブ配列(典型的には4〜8塩基対の長さ、好ましくはサンプルDNA配列中の標的サブ配列間の長さ)の存在に関する情報を、該サンプル中に存在しそうな配列のリストを含むDNA配列データベースと共に利用するものである。好適な方法は標的サブ配列を認識して該サンプル配列を切断するために制限エンドヌクレアーゼを使用する。その後、切断した断片に慎重に選択した認識部分を連結し、該断片を増幅し、実験的観測を行う。ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)が好ましい増幅法である。識別を高めることができ、また、タイプIIS制限エンドヌクレアーゼ、種々の捕捉部分、または特別に合成されたcDNAのサンプルを用いる代替実施態様をいくつか記載する。本発明のもう一つの実施態様は、クローン配列を決定するために、単一配列クローン中の慎重に選択した標的サブ配列の存在または非存在に関する情報をDNA配列データベースと共に利用するものである。実験結果を分析するための、対象のサンプル配列を決定するための、また実験が最大量の情報をもたらすように慎重に標的サブ配列を選択するための、コンピュータによる方法を提供する。

請求項（抜粋）：

ヌクレオチド配列が異なる複数の核酸を含有するサンプル中の1以上の核酸を同定、分類または定量する方法であって、次の工程: (a) サンプルを1以上の認識手段によりプローブする工程、ただし、各認識手段は異なる標的ヌクレオチドサブ配列または異なるセットの標的ヌクレオチドサブ配列を認識する、 (b) 該認識手段によりプローブされた該サンプルから1以上のシグナルを生成させる工程、ただし、各シグナルは該サンプル中の核酸から生成し、かつ(i)該核酸中の標的サブ配列の存在間の長さ、および(ii)該核酸中の標的サブ配列の同一性または該標的サブ配列セット(この中に該核酸中の標的サブ配列が含まれる)の同一性の表示を含む、および (c) 生成した1以上のシグナルとマッチする配列またはあらゆるマッチする配列の非存在を決定するためにヌクレオチド配列データベースを検索する工程、ただし、該データベースは該サンプル中に存在しうる核酸の既知ヌクレオチド配列を多数含み、該データベースからの配列が、(i)生成したシグナルにより表されるものと同じ標的サブ配列の存在間の長さを有し、かつ(ii)生成したシグナルにより表されるものと同じ標的サブ配列、または生成したシグナルにより表される同じ標的サブ配列セットのメンバーである標的サブ配列を有する場合、該データベースからの該配列は生成したシグナルとマッチしており、それにより、該サンプル中の1以上の核酸を同定、分類または定量する、各工程を含んでなる上記方法。

IPC (5件)：

C12N 15/09 , C12M 1/34 , C12Q 1/68 , G01N 33/50 , G06F 17/30

FI (5件)：

C12N 15/00 A , C12M 1/34 B , C12Q 1/68 A , G01N 33/50 P , G06F 15/40 370 F

引用特許：

審査官引用 (3件)

特表平7-508883
DNA分子索引法
公報種別：公開公報出願番号：特願平7-234122 出願人：新技術事業団
特表平7-508883

引用文献：

審査官引用 (3件)

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