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J-GLOBAL ID：201002223217167193   整理番号：10A0913429

RNA大規模塩基配列決定によるブドウmtDNAにおけるRNA編集の大規模な検出と解析

Large-scale detection and analysis of RNA editing in grape mtDNA by RNA deep-sequencing

著者 (7件)： PICARDI Ernesto (Universita degli Studi di Bari, Bari) ,  HORNER David S. (Universita degli Studi di Milano, Milano) ,  CHIARA Matteo (Universita degli Studi di Milano, Milano) ,  SCHIAVON Riccardo (Universita degli Studi di Padova, Padova) ,  VALLE Giorgio (Universita degli Studi di Padova, Padova) ,  PESOLE Graziano (Universita degli Studi di Bari, Bari) ,  PESOLE Graziano (Istituto Tecnologie Biomediche, Consiglio Nazionale delle Ricerche, Bari, ITA)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 38  号： 14  ページ： 4755-4767  発行年： 2010年 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Solexa/Illumina GAおよびABI SOLiDプラットフォームからの短鎖リードを用いてRNA編集のパターンを調べた。Vitis viniferaのミトコンドリアにおいて,コード領域における401のCからUへの変換と非コードRNAにおける別の44の修飾を見いだした。コード領域におけるCからUへの変換の76%は部分的なRNA編集現象を表し,それらの28%は著しく組織特異的であった。Solexa/IlluminaとSOLiDプラットフォームは大規模なRNA編集の分析の特定の問題に関して異なる特徴を示すので,この組み合わせた手法は編集現象の発見の擬陽性率を減ずる。

シソーラス用語： *RNAエディティング ,  *DNA【核酸】 ,  ブドウ ,  RNA【核酸】 ,  組織特異性 ,  ヌクレオチド配列 ,  アノテーション ,  Arabidopsis thaliana ,  検出法
準シソーラス用語： Vitis vinifera ,  コンピュータ解析 ,  *ミトコンドリアDNA ,  次世代シークエンシング ,  非コードRNA

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (7件)： RNA ,  大規模 ,  塩基配列 ,  ブドウ ,  mtDNA ,  RNA編集 ,  解析