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J-GLOBAL ID：201002252843264494   整理番号：10A1027432

蛍光染色ポリアクリルアミドゲルからのRNAを質量分析特性化するためのインゲル温浸

In-Gel Digestion for Mass Spectrometric Characterization of RNA from Fluorescently Stained Polyacrylamide Gels

著者 (13件)： TAOKA Masato (Tokyo Metropolitan Univ., Tokyo, JPN) ,  IKUMI Maki (Tokyo Metropolitan Univ., Tokyo, JPN) ,  NAKAYAMA Hiroshi (JST-CREST, Tokyo, JPN) ,  NAKAYAMA Hiroshi (RIKEN, Saitama, JPN) ,  MASAKI Shunpei (JST-CREST, Tokyo, JPN) ,  MATSUDA Ryozo (Tokyo Metropolitan Univ., Tokyo, JPN) ,  NOBE Yuko (JST-CREST, Tokyo, JPN) ,  YAMAUCHI Yoshio (Tokyo Metropolitan Univ., Tokyo, JPN) ,  TAKEDA Jun (JST-CREST, Tokyo, JPN) ,  TAKAHASHI Nobuhiro (JST-CREST, Tokyo, JPN) ,  TAKAHASHI Nobuhiro (Tokyo Univ. Agriculture and Technol., Tokyo, JPN) ,  ISOBE Toshiaki (Tokyo Metropolitan Univ., Tokyo, JPN) ,  ISOBE Toshiaki (JST-CREST, Tokyo, JPN)
資料名： Analytical Chemistry  (Analytical Chemistry)
巻： 82  号： 18  ページ： 7795-7803  発行年： 2010年09月15日 
JST資料番号： A0395A  ISSN： 0003-2700  CODEN： ANCHAM  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNAはリボソームを介したペプチド結合の形成を含め,遺伝子発現のほぼすべてに関係するが,最近の遺伝的,生化学的知見では異なる細胞過程に種々のタイプのコード化しないRNAが重要な役割を果たすことが示されている。現在の質量分析ベースプロテオミクス技法は機能的リボ核蛋白質複合体中の蛋白質成分をハイスループット分析することが可能であるが,RNA自体の研究への適用が制限されることから,本研究ではRNA分析のためのプロトコルとして液体クロマトグラフィー-タンデム質量分析を連結したポリアクリルアミドゲル等電点電気泳動法(PAGE)を示した。これは対象RNAをポリアクリルアミドゲル等電点電気泳動分析した後,蛍光染色し,ヌクレアーゼによってゲルバンド中のRNAを温浸して直接液体クロマトグラフィー-質量分析するもので,これによって正確な質量値及び転写後修飾に関する情報を得ることができた。PAGEで分離したRNAを高分解能MS-ナノフロー逆相LC分析し,DNA/RNAシーケンスデータベース検索した結果,RNアーゼによる温浸フラグメントとしてRNAの30%以上を回収し,同定できることが分かった。

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  *浸出 ,  *LC-MS分析 ,  *タンデム質量分析 ,  *等電点電気泳動 ,  ゲル ,  ポリアクリルアミド ,  生体試料染色 ,  キャラクタリゼーション ,  ペプチド結合 ,  遺伝子発現 ,  プロテオミクス ,  ヌクレアーゼ ,  RNアーゼ ,  遺伝学実験技術 ,  質量 ,  化学修飾 ,  逆相 ,  回収率 ,  定性分析 ,  ポリアクリルアミドゲル ,  蛍光染色 ,  転写後修飾 ,  *液体クロマトグラフィー-タンデム質量分析 ,  配列解析 ,  分子遺伝現象
準シソーラス用語： *LC-MS/MS分析 ,  シーケンス解析 ,  *温浸

分類 (3件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  生物科学研究法一般  (EA03010K) ,  各種分析法一般  (CC08010X)

タイトルに関連する用語 (7件)： 蛍光染色 ,  ポリアクリルアミドゲル ,  RNA ,  質量分析 ,  特性化 ,  ゲル ,  温浸