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J-GLOBAL ID：201002265096016782   整理番号：10A1132200

粘土鉱物がRNAの折畳みと位置選択的相互作用を仲介する:大規模な原子論的シミュレーション研究

Clay Minerals Mediate Folding and Regioselective Interactions of RNA: A Large-Scale Atomistic Simulation Study

著者 (3件)： SWADLING Jacob B. (Univ. Coll. London, London, GBR) ,  COVENEY Peter V. (Univ. Coll. London, London, GBR) ,  GREENWELL H. Christopher (Univ. Coll. London, London, GBR)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 132  号： 39  ページ： 13750-13764  発行年： 2010年10月06日 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 粘土が生命研究の起源において重要な役割を演じることは,鉱物媒介の生物起源仮説から明らかである。本研究では分子動力学技術により,数十ナノ秒間にわたってバルク水中でモンモリロン石粘土を用いたリボ核酸(RNA)の25量体配列大規模シミュレーションを実行した。シミュレーション結果は,電荷平衡カチオンが存在する場合について,モンモリロン石上へRNAが吸着する現象に関連する様々な実験観察とよく一致することを明らかにした。数ナノ秒の時間スケールでは,特定RNA配列が特徴的2次構造モチーフに折畳まれ,本現象は相当するバルク水シミュレーションでは現れないことが分かった。また水溶性Ca²⁺環境では,RNAはヌクレオチド塩基を通して粘度表面に吸着し,3′端を露出させ,粘土表面上で位置特異的吸着とRNAオリゴマーの伸長機構を提供した。

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  *モンモリロナイト ,  粘土鉱物 ,  折畳み構造 ,  選択性 ,  立体配座 ,  分子動力学 ,  二次構造 ,  カルシウム ,  生命の起源 ,  吸着 ,  ヌクレオチド配列
準シソーラス用語： 位置選択性

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (9件)： 粘土鉱物 ,  RNA ,  折畳み ,  位置選択 ,  相互作用 ,  仲介 ,  大規模 ,  原子論的シミュレーション ,  研究