- 2024 - 2025 堆積物中の環境DNAを用いた海棲哺乳類の長期動態解明に関する研究
- 2024 - 2025 堆積物を用いた長期の沿岸環境変化とその駆動要因の解明(その2)
- 2021 - 2024 湖環境への人為的影響をはかるための歴史時代における湖内植物生産量変動
- 2021 - 2024 湖沼生態系への温暖化対策の影響解明に向けた環境DNAによる新たな評価手法の構築
- 2022 - 2023 堆積物DNAを用いた動物プランクトンの長期動態に関する研究
- 2021 - 2022 堆積物中の環境DNA・生物遺骸を用いた動物プランクトン動態の長期変動に関する研究
- 2021 - 2022 プランクトンの長期動態解明を見据えた環境DNA解析手法の開発
- 2020 - 2021 大型プランクトンに寄生する真菌類の長期動態に関する研究
- 2020 - 2021 琵琶湖の宿主プランクトンと寄生者に関する長期動態解明に関する研究
- 2018 - 2021 マイワシレジームの最大個体数を百年規模で減少させた北西太平洋の海洋プロセスの解明
- 2019 - 2020 堆積物のDNA情報を用いた繊毛虫・渦鞭毛藻・ウイルス相を含めた新たな微生物相解明への挑戦
- 2017 - 2020 琵琶湖におけるプランクトンとウイルスの過去100年にわたる相互作用解明への挑戦
- 2017 - 2019 古陸水学的手法と遺伝子解析技術を駆使した過去100年にわたる微生物間の相互作用の解析
- 2017 - 2018 湖底堆積物の遺伝子解析から紐解く、過去100年にわたる琵琶湖のコイヘルペスウイルス量の復元
- 2014 - 2017 湖沼生態系への人為起源エアロゾルの広域的な影響評価に関する研究
- 2013 - 2014 越境汚染が我が国の湖沼生態系に及ぼす影響に関する研究
- 2010 - 2010 古海洋学的手法を用いた瀬戸内海低次生産の長期動態の解明
- 2007 - 2009 有明海の富栄養化に関する研究 -比較内湾学的アプローチ-
- 2006 - 2009 有明海湾奥部の冬季赤潮発生機構の解明に関する研究
- 2005 - 2006 地球温暖化と黒潮変動に対する沿岸生態系の動植物プランクトンの応答様式の解明
- 2003 - 2005 琵琶湖生態系の変動の鍵を握る動植物プランクトンに関する研究
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