研究者
J-GLOBAL ID:201101039743396685   更新日: 2020年09月01日

神沼 英里

カミヌマ エリ | Kaminuma Eli
所属機関・部署:
職名: 特任講師
ホームページURL (1件): https://nrid.nii.ac.jp/nrid/1000090314559/
研究分野 (2件): 生命、健康、医療情報学 ,  データベース
研究キーワード (8件): 生命情報科学 ,  データ駆動科学 ,  クラウドサイエンス ,  ゲノム科学 ,  アノテーション ,  クラウドソーシング ,  DNA多型 ,  メディア情報処理
競争的資金等の研究課題 (15件):
  • 2019 - 2021 DNA配列注釈予測における注釈 品質評価とオンライン機械学習の実効性の検討(3A2019),(55A2020)
  • 2018 - 2021 医療アクセス制限研究の属性共起分析による類似オープンデータ順位付けとデータサイエンス応用(029RP2018), (032RP2019), (029RP2020)
  • 2016 - 2018 早生カンキツ育種効率化のための選抜育種技術の開発とその利用(NGB2009)
  • 2014 - 2018 ゲノム・メタゲノム情報統合による微生物DBの超高度化推進
  • 2013 - 2016 カンキツの育種選抜に利用可能なゲノムワイドSNPの拡充(NGB1006)
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論文 (49件):
  • Eli Kaminuma, Yukino Baba, Masahiro Mochizuki, Hirotaka Matsumoto, Haruka Ozaki, Toshitsugu Okayama, Takuya Kato, Shinya Oki, Takatomo Fujisawa, Yasukazu Nakamura, et al. DDBJ Data Analysis Challenge: a machine learning competition to predict Arabidopsis chromatin feature annotations from DNA sequences. Genes & genetic systems. 2020. 95. 1. 43-50
  • 神沼英里, 藤澤貴智, 中村保一. ライフサイエンス研究におけるクラウドソーシングの利用と実践. 情報処理学会デジタルプラクティス論文誌 特集「クラウドソーシング/ヒューマンコンピュテーション」. 2018. 9. 4
  • Yuichi Kodama, Jun Mashima, Takehide Kosuge, Eli Kaminuma, Osamu Ogasawara, Kousaku Okubo, Yasukazu Nakamura, Toshihisa Takagi. DNA Data Bank of Japan: 30th anniversary. Nucleic acids research. 2018. 46. D1. D30-D35
  • Mai F Minamikawa, Keisuke Nonaka, Eli Kaminuma, Hiromi Kajiya-Kanegae, Akio Onogi, Shingo Goto, Terutaka Yoshioka, Atsushi Imai, Hiroko Hamada, Takeshi Hayashi, et al. Genome-wide association study and genomic prediction in citrus: Potential of genomics-assisted breeding for fruit quality traits. Scientific reports. 2017. 7. 1. 4721-4721
  • Jun Mashima, Yuichi Kodama, Takatomo Fujisawa, Toshiaki Katayama, Yoshihiro Okuda, Eli Kaminuma, Osamu Ogasawara, Kousaku Okubo, Yasukazu Nakamura, Toshihisa Takagi. DNA Data Bank of Japan. Nucleic acids research. 2017. 45. D1. D25-D31-D31
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MISC (4件):
  • E. Kaminuma, T. Yoshizumi, T. Wada, M. Matsui, T. Toyoda. Quantitative analysis of heterogeneous spatial distribution of Arabidopsis leaf trichomes using micro X-ray computed tomography (vol 56, pg 470, 2008). PLANT JOURNAL. 2009. 57. 2. 387-387
  • Akihiro Matsui, Eli Kaminuma, Jong-Myong Kim, Maiko Nakajima, Taeko Morosawa, Masakazu Sato, Yukio Kurihara, Tetsuro Toyoda, Kazuo Shinozaki, Motoaki Seki. Functional Analysis of the Arabidopsis small RNAs involved in the responses to drought, cold, high-salinity stresses. PLANT AND CELL PHYSIOLOGY. 2007. 48. S37-S37
  • E Kaminuma, Y Hasegawa, N Heida, T Yoshizumi, M Nakazawa, T Toyoda, M Matsui. Three-dimensional shape modeling and in silico phenotypic analysis of Arabidopsis by using the micro X-ray computed tomography. PLANT AND CELL PHYSIOLOGY. 2005. 46. S62-S62
  • E Kaminuma, N Heida, Y Tsumoto, N Goto, M Nakazawa, T Toyoda, A Konagaya, M Matsui. Computational phenomics: Systematic quantification of 3D morphological traits of Arabidopsis. PLANT AND CELL PHYSIOLOGY. 2004. 45. S149-S149
特許 (2件):
書籍 (12件):
  • 次世代シーケンサーデータの解析手法 第 7 回 ロングリードアセンブリ
    乳酸菌学会誌vol27,No.2 解説 2016
  • 育種学研究 Vol.17 No.2 2014年第56回シンポジウム(シンポジウム・ワークショップ)報告
    2015
  • 実験医学別冊「次世代シークエンス解析スタンダード」
    羊土社 2014
  • 育種学研究 Vol. 15 No. 3 2012年第54回シンポジウム(シンポジウム・ワークショッ プ)報告
    日本育種学会 2013
  • 遺伝子図鑑
    悠書館 2013 ISBN:9784903487793
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講演・口頭発表等 (191件):
  • Generating annotation texts of HLA sequences with antigen classes by a T5(Text-to-Text Transfer Transformer) model using International Nucleotide Sequence Database
    (2020年日本バイオインフォマティクス学会年会 2020)
  • グラフ構造のための深層学習「Graph Neural Networks」の仕組みと研究応用
    (第61回日本植物生理学会年会WSデータベース講習会 2020)
  • 糖尿病電子カルテを事例としたMeSH Term注釈に基づくアクセス制限研究のオープンデータ類似検索
    (人工知能学会 合同研究会2019 SIG-AIMED-008 2019)
  • AI・IoT活用情報とGoogle Colab植物画像注釈
    (第2回植物インフォマティクス研究会 2019)
  • 深層学習による採取地別イトマキヒトデの画像分類
    (RinkaiHackathon 2019 with DDBJing 2019)
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Works (14件):
  • 2019年度アマゾンウェブサービス 機械学習PBLセミナー
    鮫島正樹, AWS Ja, 上総虎智(AWS J, 神沼英里(TM 2019 -
  • 第1回MD-DSC機械学習コンペティション「アイデア賞・モデリング賞」
    田中博(TMDU, 角山和久, アステラス製薬, 三留修平, シードプランニング, 神沼英里(TM 2019 -
  • 2018年度アマゾンウェブサービス 機械学習PBLセミナー
    鮫島正樹, AWS Ja, 岩見和也(AWS J, 神沼英里(TM 2018 -
  • ディープラーニングによる出芽酵母蛍光画像の細胞内タンパク質局在の分類
    神沼英里 2018 -
  • 深層学習輪読会2017「Hands-On Machine Learning with Scikit-Learn and TensorFlow」
    神沼英里 2017 -
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学歴 (3件):
  • 1995 - 1999 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 博士課程(博士(工学))
  • 1993 - 1995 奈良女子大学 理学研究科 修士課程
  • 1989 - 1993 奈良教育大学 教育学部 特別教員養成課程(高校理科)
学位 (1件):
  • 博士(工学)
経歴 (8件):
  • 2020/04 - 現在 理化学研究所 環境資源科学研究センター 客員研究員
  • 2018/05 - 現在 東京医科歯科大学 医療データ科学推進室 特任講師
  • 2018/05 - 現在 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 外来研究員
  • 2017/10 - 2019/03 産業技術総合研究所 人工知能研究センター 協力研究員
  • 2009/04 - 2018/04 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 助教
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所属学会 (4件):
日本ゲノム微生物学会 ,  日本バイオインフォマティクス学会 ,  日本人工知能学会 ,  日本情報処理学会
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