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J-GLOBAL ID：201102249286162620   整理番号：11A1360577

遺伝マーカー,推定された先祖ハプロタイプおよびゲノム関係マトリックスを用いるゲノム育種価評価

Genomic breeding value estimation using genetic markers, inferred ancestral haplotypes, and the genomic relationship matrix

著者 (4件)： DE ROOS A.p.w. (CRV, PO Box 454, 6800 AL Arnhem, NLD) ,  DE ROOS A.p.w. (Animal Breeding and Genomics Centre, Wageningen Univ., PO Box 338, 6700 AH Wageningen, NLD) ,  SCHROOTEN C. (CRV, PO Box 454, 6800 AL Arnhem, NLD) ,  DRUET T. (Unit of Animal Genomics, Fac. of Veterinary Medicine and Centre for Biomedical Integrative Genoproteomics, Univ. of ...)
資料名： Journal of Dairy Science  (Journal of Dairy Science)
巻： 94  号： 9  ページ： 4708-4714  発行年： 2011年09月 
JST資料番号： C0282A  ISSN： 0022-0302  CODEN： JDSCAE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： さまざまな密度の新規な単一ヌクレオチド多型(SNP)チップの導入で,ますます多くの遺伝子型データセットが,SNPのサブセットだけに対して遺伝子型別された動物を含むようになった。認められていない先祖ハプロタイプに基づく転嫁技術は,行方不明の遺伝子型を推定するために用いられるであろう。また,SNPを用いる代わりに,これらの先祖ハプロタイプが,ゲノム予測モデルにおいて用いられるであろう。先祖ハプロタイプがSNPより多くの量的形質遺伝子座での結合不均衡を捕捉することができるので,これは予測の信頼性を増やすことができる。ゲノム予測モデルの認められていない先祖ハプロタイプを用いることがSNPを使用することより信頼性が高いゲノム予測を提供するかどうか,そして,ゲノム予測モデルにおいてどれくらいの遺伝子座が余剰であるか決定することを研究した。39557のSNPに対する8960頭の雄牛と雌牛の遺伝子型を,2つの先祖ハプロタイプに各々の遺伝子座で各々の個体を結びつけるために,隠れMarkovモデルによって分析した。遺伝子座あたり先祖ハプロタイプの数は,10,15または20に固定した。その後,検証研究は,16の形質に対する3251頭の子孫の試験した雄牛の表現型が少なくとも753頭の検証雄牛の推定された育種価を予測するためにゲノム予測モデルにおいて用いて実行した。15か20の先祖ハプロタイプがSNP遺伝子型の代わりに予測モデルにおいて使われるときに,ゲノム予測および退行しなかった娘の育成成績の間の二乗相関により,形質全体に平均値になるときに,育種価をわずかにより高かいと予測し,一方,ゲノム関係マトリックスを用いる予測は最も低い二乗相関を与えた。余剰遺伝子座の数[すなわち次の遺伝子座で1つの先祖ハプロタイプから他の先祖ハプロタイプまで18未満のジャンプ(0.1%)を持つ遺伝子座]は18793(48%)であり,それは20764の遺伝子座だけがゲノム予測モデルに含まれることを必要とすることを意味する。これは,標識の非常に多くの数でゲノム評価の非常に減少しているコンピュータ必要条件に対して機会を提供する。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *ウシ ,  雄性 ,  雌性 ,  *DNAマーカー ,  *ハプロタイプ ,  *ゲノム ,  マトリックス【母体】 ,  *育種価 ,  一塩基多型 ,  遺伝子型 ,  予測モデル ,  量的形質遺伝子座 ,  信頼性 ,  隠れMarkovモデル ,  表現型
準シソーラス用語： *遺伝マーカー ,  *先祖ハプロタイプ ,  単一ヌクレオチド多型

分類 (3件)： 牛  (FD02020Y) ,  飼育動物の育種  (FD01020R) ,  集団遺伝学  (EC01040J)

タイトルに関連する用語 (7件)： 遺伝マーカー ,  推定 ,  ハプロタイプ ,  ゲノム ,  マトリックス ,  育種価 ,  評価