ドイツ産ホルスタイン種牛における低密度マーカーパネルによるマーカー帰属

ZHANG Z.; DRUET T.; DRUET T.

文献

J-GLOBAL ID：201102263876925266 整理番号：11A0858165

ドイツ産ホルスタイン種牛における低密度マーカーパネルによるマーカー帰属

Marker imputation with low-density marker panels in Dutch Holstein cattle

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巻： 93 号： 11 ページ： 5487-5494 発行年： 2010年11月
JST資料番号： C0282A ISSN： 0022-0302 CODEN： JDSCAE 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：アメリカ合衆国 (USA) 言語：英語 (EN)

高密度ウシ遺伝子タイピングアレイの利用は乳牛におけるゲノム淘汰の実用化を成した。低密度単一ヌクレオチド多型(SNP)パネルの開発は個体群のより大きい部分にゲノム選抜の伸長を可能にした。非遺伝子型マーカーの予測いわゆる帰属は,全形質について若干の低密度チップの利用が可能になる1つの戦略である。本稿では,オランダ産ホルスタイン個体群における低密度遺伝子タイピングアレイによる帰属精度を評価した。384から6,000のSNPまで5つの遺伝子タイピングアレイの大きさを試験した。マーカー密度にしたがって,プログラムDAGPHASE(連鎖非平衡と連鎖に依存する)を用いて得られた全体の対立遺伝子帰属誤差率は11.7から2.0%の範囲にあった。そして,プログラムCHROMIBD(全遺伝子型子孫のセットと結合に依存)は10.7から3.3%の範囲にあった。しかし,帰属効率は低密度と高密度遺伝子型動物の間の関係性に影響を受けた。両方の親を持つ動物は特に低帰属誤差率は,1,500SNP又はそれ以上で<1%であった。要約すると,欠損マーカー対立遺伝子はおよそ1SNP/Mb(およそ3000マーカー)で3から4%の誤差率で予測が可能である。CHROMIBDプログラムは,いくかの遺伝子型祖先の両方を入手できる場合又はより低いマーカー密度のときだけにDAGPHASEより効率的であることが分かった。未来研究は低密度SNPパネルによるゲノム選択の精度の関して帰属誤差の影響を測定することが必要である。Copyright 2011 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

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牛 , 遺伝子の構造と化学

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