研究者
J-GLOBAL ID：201201016324022314   更新日: 2024年04月01日

阿部 貴志

アベ タカシ | Abe Takashi
所属機関・部署：
新潟大学 工学部 工学科

新潟大学 工学部 工学科 について


職名： 教授
ホームページURL (2件)： http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/ ,  http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/?Bioinformatics%20Lab.%20English
研究分野 (2件)： ゲノム生物学 ,  生命、健康、医療情報学
競争的資金等の研究課題 (55件)：
  • 2021 - 2025 下水ゲノム疫学による新型コロナ変異株と薬剤耐性の国際比較と越境移動要因分析
  • 2020 - 2023 汎フィロウイルス治療薬開発に向けたドライ-ウェット融合型研究基盤の構築
  • 2019 - 2022 細胞膜自動透過性DNAアプタマーの分子基盤解明とポスト抗体医薬への展開
  • 2017 - 2022 エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース
  • 2018 - 2021 神経回路網アルゴリズムを用いた非結核性抗酸菌の統合的オミックス解析と病態予測
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論文 (103件)：
  • So Nakagawa, Toshiaki Katayama, Lihua Jin, Jiaqi Wu, Kirill Kryukov, Rise Oyachi, Junko S Takeuchi, Takatomo Fujisawa, Satomi Asano, Momoka Komatsu, et al. SARS-CoV-2 HaploGraph: visualization of SARS-CoV-2 haplotype spread in Japan. Genes & Genetic Systems. 2023
  • Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura. Oligonucleotide usage in coronavirus genomes mimics that in exon regions in host genomes. Virology journal. 2023. 20. 1. 39-39
  • Masaki Okunaga, Kenta Kushiro, Ryohei Horie, Akihiro Kondo, Takashi Abe. Identification of microbes coexisting with Legionella spp. in bathwaters. NPJ CLEAN WATER. 2022. 5. 1
  • Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe. Comparative genomic analysis of the human genome and six bat genomes using unsupervised machine learning: Mb-level CpG and TFBS islands. BMC Genomics. 2022. 23. 1
  • Toshimichi Ikemura, Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe. AI-based search for convergently expanding, advantageous mutations in SARS-CoV-2 by focusing on oligonucleotide frequencies. PLOS ONE. 2022. 17. 8. e0273860-e0273860
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MISC (46件)：
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特許 (2件)：
書籍 (15件)：
  • バイオインフォマティクス入門
    慶応義塾大学出版会 2015 ISBN:9784766422511
  • 生命のビッグデータ利用の最前線. 3.2 一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)を用いた大量メタゲノム解析
    シーエムシー出版 2014 ISBN:9784781305370
  • Advances in Viral Genomes Research; Novel bioinformatics method to analyze more than 10,000 influenza virus strains easily at once: Batch-Learning Self Organizing Map (BLSOM).
    Nova Science Publishers, Inc. 2013
  • ベーシックマスター分子生物学; 16章 ゲノミクス
    オーム社 2013
  • Encyclopedia of Metagenomics; tRNADB-CE and use of tRNAs as phylogenetic markers for metagenomic sequences.
    Springer 2013
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講演・口頭発表等 (16件)：
  • 微生物ゲノムとメタゲノムからの効率的な知識発見に向けて
    (木村資生記念 第2回進化学セミナー 2018)
  • ウイルスゲノムの連続塩基組成を活用した効率的な知識発見
    (進化学会第20回大会 2018)
  • ゲノムアノテーション
    (統合データベース講習会AJACS越後 2018)
  • ビッグデータ時代のデータ分析の実践 ~統計分析や機械学習を上手く活用しよう~
    (新潟大学産学連携協力会IoT/ビッグデータ研修会 2017)
  • ゲノムデータからの効率的な知識発見に向けた一括学習型自己組織化マップの活用
    (第27回日本数理生物学会年会 2017)
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Works (5件)：
  • Codon Usage Generator
    阿部 貴志, 柳田 駿介 2018 - 現在
  • BLSOMviewer
    阿部 貴志, 馬場 一郎 2018 - 現在
  • PEMS (Phylogenetic Estimation of Metagenomic sequence using BLSOM)
    阿部貴志, 和田健之介, 金谷重彦, 池村淑道 2011 - 現在
  • 健康への貢献遺伝子データベース
    上原 啓史, 阿部 貴志, 池村 淑道 2009 - 現在
  • tRNADB-CE
    Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Junichi Sugahara, Akio Kanai, Yasuo Ohara, Hiroshi Uehara, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Yuko Yamada, Akira Muto, Hachiro Inokuchi 2008 - 現在
学位 (1件)：
  • 博士(理学) (総合研究大学院大学)
経歴 (10件)：
  • 2020/10 - 現在 新潟大学 大学院自然科学研究科 電気情報工学専攻 教授
  • 2020/10 - 現在 新潟大学 工学部 工学科 教授
  • 2021/06 - 2024/03 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 特命教授
  • 2017/04 - 2020/09 新潟大学 工学部 工学科 准教授
  • 2011/10 - 2020/09 新潟大学 自然科学研究科 電気情報工学専攻 准教授
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受賞 (5件)：
  • 2020/09 - 日本獣医学会 2019年(第81巻)JVMS優秀論文賞 Viral population analysis of the taiga tick, Ixodes persulcatus, by using Batch Learning Self-Organizing Maps and BLAST search. The Journal of Veterinary Medical Science 81(3)401-410, 2019
  • 2011/03 - 日本ゲノム微生物学会 日本ゲノム微生物学会研究奨励賞
  • 2008/06 - 日本生理人類学会 日本生理人類学会優秀論文賞
  • 2003/08 - 日本進化学会 日本進化学会第5回大会最優秀ポスター賞
  • 1999/11 - 社団法人日本化学会情報化学部会 第22回情報科学討論会ポスター賞
所属学会 (7件)：
電子情報通信学会 ,  日本分子生物学会 ,  日本進化学会 ,  日本RNA学会 ,  日本ゲノム微生物学会 ,  日本遺伝学会 ,  日本バイオインフォマティクス学会
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