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J-GLOBAL ID：201202207243230560   整理番号：12A1421132

分子ドッキングと分子動力学シミュレーションによる可溶性エポキシドヒドロラーゼとのベンゾオキサゾールに基づくアミド阻害剤の配位子結合と結合機構を調べる

Probing Ligand-Binding Modes and Binding Mechanisms of Benzoxazole-Based Amide Inhibitors with Soluble Epoxide Hydrolase by Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulation

著者 (4件)： CHEN Hang (Univ. Sci. and Technol. of China, Hefei, CHN) ,  ZHANG Ying (Univ. Sci. and Technol. of China, Hefei, CHN) ,  LI Liang (Univ. Sci. and Technol. of China, Hefei, CHN) ,  HAN Ju-Guang (Univ. Sci. and Technol. of China, Hefei, CHN)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 34  ページ： 10219-10233  発行年： 2012年08月30日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 可溶性エポキシドヒドロラーゼ(sEH)は種々のヒト疾患を治療するため新しい治療標的になる。分子ドッキングと分子動力学(MD)シミュレーションによってヒトsEHヒドラーゼ活性阻害を調べた。分子ドッキング,MDシミュレーション,自由エネルギー計算及びエネルギー分解解析を通してsEHに結合するLiらが設計して試験した6種類のベンゾオキサゾールに基づくアミド阻害剤のセットを調べた。分子力学一般化Born/表面積(MM-GB/SA)計算と基準モード解析(NMA)を基礎にして,得た結果はこれらの阻害剤の計算した結合自由エネルギー(ΔΔG_TOT)が実測した生物活性データ(IC₅₀)と良く一致することを指示した。ΔΔG_TOTとIC₅₀間の相関係数(r²)は0.88であった。van der Waalsエネルギーは全エネルギーの最大成分であり,エントロピー変化はΔΔG_TOT決定において欠くことのできない役割を演じた。ドッキング結果と結合自由エネルギーによって合理的結合モードを考察して決定した。各残基の自由エネルギー分解はTrp334残基がすべての残基周りの最大結合自由エネルギーを支配することとこれらの分子のsEHに対する活性は水素結合によって決定されないが,活性部位中の多重側鎖の共通効果によって決定できることを明らかにした。

シソーラス用語： *エポキシドヒドラターゼ ,  酵素阻害剤 ,  治療法 ,  酸素複素環化合物 ,  窒素複素環化合物 ,  芳香族縮合化合物 ,  自由エネルギー ,  生物活性 ,  毒性試験 ,  相関係数 ,  分子内力学 ,  Born近似 ,  表面積 ,  基準モード ,  van der Waals力 ,  全エネルギー ,  断熱過程 ,  モード ,  水素結合 ,  アミノ酸残基 ,  活性部位 ,  ドッキング ,  分子認識 ,  分子動力学 ,  計算機シミュレーション ,  結晶構造 ,  立体配座 ,  変位 ,  酵素基質複合体 ,  可溶性 ,  溶解性
準シソーラス用語： IC50 ,  エポキシドヒドロラーゼ ,  結合モード ,  結合自由エネルギー ,  治療標的 ,  等エントロピー変化 ,  分子ドッキング ,  分子動力学シミュレーション ,  分子力学 ,  平均自乗変位 ,  ベンゾオキサゾール類

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

物質索引 (6件)： 4-[[[(2,3-ジヒドロベンゾオキサゾール-2-イル)アミノ]カルボニル]メチル]ピペリジン-1-カルボン酸2,2-ジメチルプロピル ,  4-[[[(5-クロロベンゾオキサゾール-2-イル)アミノ]カルボニル]メチル]ピペリジン-1-カルボン酸tert-ブチル ,  4-[[[(5-メチルベンゾオキサゾール-2-イル)アミノ]カルボニル]メチル]ピペリジン-1-カルボン酸tert-ブチル ,  4-[[[(5,7-ジメチルベンゾオキサゾール-2-イル)アミノ]カルボニル]メチル]ピペリジン-1-カルボン酸tert-ブチル ,  4-[[[(4-メチルベンゾオキサゾール-2-イル)アミノ]カルボニル]メチル]ピペリジン-1-カルボン酸tert-ブチル ,  4-[[[(6-メチルベンゾオキサゾール-2-イル)アミノ]カルボニル]メチル]ピペリジン-1-カルボン酸tert-ブチル

タイトルに関連する用語 (7件)： 分子ドッキング ,  分子動力学シミュレーション ,  可溶性エポキシドヒドロラーゼ ,  ベンゾオキサゾール ,  アミド ,  阻害剤 ,  配位子