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J-GLOBAL ID：201202222082589651   整理番号：12A1353407

C末端尾部での回転-非結合型スライディングとコアドメインでの限定ホッピングによるDNA上のp53探索

p53 Searches on DNA by Rotation-Uncoupled Sliding at C-Terminal Tails and Restricted Hopping of Core Domains

著者 (4件)： TERAKAWA Tsuyoshi (Kyoto Univ., Kyoto, JPN) ,  KENZAKI Hiroo (Kyoto Univ., Kyoto, JPN) ,  TAKADA Shoji (Kyoto Univ., Kyoto, JPN) ,  TAKADA Shoji (JST-CREST, Saitama, JPN)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 134  号： 35  ページ： 14555-14562  発行年： 2012年09月05日 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 転写因子p53は折畳まれた構造を持つコアドメインと天然変性C末端ドメイン(CTD)の2つのDNA結合領域を持つが,非特異的DNA結合におけるこれらドメインの役割を分子論的に解析した。Levy等の手法を拡張して原子物理的特性と可動性をCGモデルに組み込み,拡張CGシミュレーションにより各イオン濃度での非特異的DNAに対するp53結合動力学を検討した。p53は低塩濃度で2つのDNA結合ドメインの両方に非特異的に結合し,生理学的イオン濃度ではCTD付近のDNAに沿ってスライドするが,コアドメインで解離と会合を繰り返した。イオン濃度に依存した拡散定数に基づく単一分子実験は本機構と一致した。さらに,生理的塩濃度下でCTDに媒介されるスライディング機構は回転-非結合型スライディングモデルに従い,生理学的塩濃度ではCTDのDNA相互作用は最大の一次元次元拡散定数値を示した。本シミュレーションは多くの他のDNA結合蛋白質にも適用可能である。

シソーラス用語： コンピュータグラフィックス ,  計算機シミュレーション ,  塩効果 ,  *p53タンパク質 ,  DNA【核酸】 ,  結合部位 ,  分子間相互作用 ,  配座転移 ,  タンパク質核酸複合体 ,  分子モデル ,  遺伝学実験技術 ,  分子回転 ,  二本鎖DNA ,  分子動力学シミュレーション ,  計算機利用 ,  利用

分類 (1件)： 遺伝子操作  (EC02050B)

タイトルに関連する用語 (7件)： C末端 ,  尾部 ,  コアドメイン ,  ホッピング ,  DNA ,  p53 ,  探索