文献

J-GLOBAL ID：201202227607107345   整理番号：12A1459047

大規模シーケンシングデータ由来の小型非コードRNA転写産物のハイブリダイゼーションに基づく再構成

Hybridization-based reconstruction of small non-coding RNA transcripts from deep sequencing data

著者 (5件)： RAGAN Chikako (Univ. Queensland, Qld.) ,  MOWRY Bryan J. (Univ. Queensland, Qld.) ,  MOWRY Bryan J. (Queensland Centre for Mental Health Res., Qld.) ,  BAUER Denis C. (Univ. Queensland, Qld.) ,  BAUER Denis C. (CSIRO, NSW, AUS)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 40  号： 16  ページ： 7633-7643  発行年： 2012年09月14日 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA塩基配列決定技術(RNA-seq)によるデータから小型非コードRNA(ncRNA)を検出する為の不偏性で普遍的に適用可能な手法NORAHDESKを提示する。本手法はncRNAを信頼性を持って予測し注釈づけるため,小型RNA配列データの被覆度-分布と二次構造の熱力学的評価を用いる。マウスの脳,骨格筋,精巣,卵巣の公開配列データを用いて,マイクロRNA及びpiwi相互作用小型RNA(piRNA)に関する性能に重点を置いて,DARIOやMIRDEEP2と比較した。本手法はより高いリード被覆度でより長い転写産物を生じた。本手法は既知及び新規piRNAの予測に特に適した初めての手法であると言える。

シソーラス用語： 遺伝学実験技術 ,  *RNA【核酸】 ,  遺伝子 ,  分子ハイブリダイゼーション ,  二次構造 ,  熱力学的性質 ,  *遺伝子再編成 ,  アンチセンスRNA ,  転写【遺伝】 ,  組織特異性 ,  脳 ,  骨格筋 ,  精巣 ,  卵巣
準シソーラス用語： DNAシークエンシング ,  *非コードRNA ,  piwi遺伝子 ,  ncRNA ,  *遺伝子再構成 ,  マイクロRNA

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 大規模 ,  非コードRNA ,  転写産物 ,  ハイブリダイゼーション ,  再構成