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J-GLOBAL ID：201202232657865660   整理番号：12A0684504

トリメチルアミンN-オキシドを用いるアポミオグロビンの分子こみ合い条件への移動自由エネルギーの時空間特性:三種類のKirkwood-Buff積分を用いた研究

Spatio-Temporal Characteristics of the Transfer Free Energy of Apomyoglobin into the Molecular Crowding Condition with Trimethylamine N-oxide: A Study with Three Types of the Kirkwood-Buff Integral

著者 (5件)： YU Isseki (Aoyama Gakuin Univ., Kanagawa, JPN) ,  YU Isseki (JST-CREST) ,  NAKADA Kyoko (Aoyama Gakuin Univ., Kanagawa, JPN) ,  NAGAOKA Masataka (Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  NAGAOKA Masataka (JST-CREST)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 13  ページ： 4080-4088  発行年： 2012年04月05日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 純水から浸透圧調節物質のトリメチルアミンN-オキシド(TAMO)を含有する水溶液へアポミオグロビン(AMb)の移動自由エネルギー(TFE:すなわち,溶媒相から異なる相へ蛋白質が移動するときのGibbsエネルギーにおける変化)を調べた。ある溶質分子周りの溶媒成分の対相関関数であるKirkwood-Buff(KB)積分に関して,半径,表層及び局所元素からなる三種類のKB積分と組合せた全原子分子動力学(MD)シミュレーションを用いた。シミュレーションしたTEFと優先相互作用パラメータは実験値と好適に一致した。更に,時間分解KB積分はTFEにおける顕著なゆらぎがAMb周りのTAMO溶媒和中の変質から生じることを明らかにした。その上,KB積分の空間分解はTFEの局所元素がAMb周りに空間的に分布していることを示した。これらの結果は蛋白質のTFEのTAMOを有する分子こみ合い条件に対する時空間特性を明らかにした。

シソーラス用語： *ミオグロビン ,  *こみあい効果 ,  *自由エネルギー ,  *時空 ,  純水 ,  水溶液 ,  化学反応 ,  対相関関数 ,  近似法 ,  原子モデル ,  分子動力学 ,  計算機シミュレーション ,  相互作用パラメータ ,  ゆらぎ ,  溶媒和 ,  三次元 ,  水分子 ,  動径分布関数 ,  経時変化 ,  境界条件 ,  空間分布 ,  変質
準シソーラス用語： Kirkwood重合せ近似 ,  アポミオグロビン ,  移動反応 ,  時空間 ,  周期的境界条件 ,  浸透圧調節物質 ,  全原子モデル ,  分子動力学シミュレーション

分類 (1件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

物質索引 (1件)： トリメチルアミンN-オキシド

タイトルに関連する用語 (8件)： トリメチルアミンN-オキシド ,  アポミオグロビン ,  分子 ,  こみ合い ,  自由エネルギー ,  空間特性 ,  Kirkwood-Buff積分 ,  研究