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J-GLOBAL ID：201202235350651521   整理番号：12A0549897

クラスI RNAポリメラーゼリボザイムにおけるMg²⁺イオンの構造役割:分子シミュレーション研究

The Structural Role of Mg²⁺ Ions in a Class I RNA Polymerase Ribozyme: A Molecular Simulation Study

著者 (2件)： SGRIGNANI Jacopo (IOM-Democritos National Simulation Center, CNR, Trieste, ITA) ,  MAGISTRATO Alessandra (IOM-Democritos National Simulation Center, CNR, Trieste, ITA)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 7  ページ： 2259-2268  発行年： 2012年02月23日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 最初の生組織の構成成分である遺伝情報を貯え,触媒反応を遂行できる自己複製リボザイムにおいて,特に,RNAポリメラーゼリボザイムは最新の蛋白質酵素ポリメラーゼに類似して,原始世界においてRNA鎖合成を促進できる。Mg²⁺イオンはポリメラーゼ触媒反応を通常支援するが,活性部位に位置決めしたMg²⁺イオンの数と同一性と同様にそれらの配位子の配位数を実験的に見いだすことは必ずしも些細でない。ここでは,人工のクラスI リガーゼリボザイムにおいてこの問題に取り組んだ。最近解析した結晶構造を基礎にして,一金属と二金属種を考慮したこのリボザイムの反応体と生成物状態の計算モデルを構築した。力の場に基づく分子動力学(MD)シミュレーションと混合量子古典的(量子力学/分子力学)MDによってこのモデルを軽減した。これらのモデルの構造特性と動力学的性質は実験データと因果関係にあり,蛋白質DNAとRNAポリメラーゼの触媒反応部位との比較によって検証できた。この結果は酵素ポリメラーゼと因果関係を有し,クラスI RNAリガーゼが活性部位に二個のマグネシウムイオンをもち,それゆえ,「二個Mg²⁺イオン」機構を経由して二個のRNA鎖間接合を触媒反応する。

シソーラス用語： *RNAポリメラーゼI ,  *リボザイム ,  複製【遺伝】 ,  RNA合成 ,  リガーゼ ,  *マグネシウム化合物 ,  金属イオン ,  活性部位 ,  触媒反応 ,  結晶構造 ,  計算モデル ,  構造特性 ,  動特性 ,  因果律 ,  分子動力学 ,  計算機シミュレーション ,  分子内力学 ,  量子論 ,  位置決め ,  配位数 ,  力の場 ,  DNAポリメラーゼ ,  水素結合 ,  核間距離
準シソーラス用語： マグネシウムイオン ,  因果関係 ,  結合距離 ,  自己複製 ,  動力学的性質 ,  分子シミュレーション ,  分子動力学シミュレーション ,  分子力学 ,  量子力学 ,  量子力学/分子力学法

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (7件)： クラス ,  RNAポリメラーゼ ,  リボザイム ,  イオン ,  役割 ,  分子シミュレーション ,  研究