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J-GLOBAL ID：201202238388277037   整理番号：12A1237162

miRDeepFinder 植物低分子RNAの大規模シークエンシングのためのmiR分析ツール

miRDeepFinder: a miRNA analysis tool for deep sequencing of plant small RNAs

著者 (5件)： XIE Fuliang (East Carolina Univ., Dep. of Biology, 27858, Greenville, NC, USA) ,  XIAO Peng (East Carolina Univ., Dep. of Mathematics, 27858, Greenville, NC, USA) ,  CHEN Dongliang (East Carolina Univ., Dep. of Biology, 27858, Greenville, NC, USA) ,  XU Lei (East Carolina Univ., Dep. of Biology, 27858, Greenville, NC, USA) ,  ZHANG Baohong (East Carolina Univ., Dep. of Biology, 27858, Greenville, NC, USA)
資料名： Plant Molecular Biology  (Plant Molecular Biology)
巻： 80  号： 1  ページ： 75-84  発行年： 2012年09月 
JST資料番号： W0811A  ISSN： 0167-4412  CODEN： PMBIDB  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： miRDeepFinderは大規模シークエンシングによる低分子RNAデータセットから植物ミクロRNA(miRNA)及び標的物を機能的に分析・同定するために開発されたソフトウェアパッケージである。miRDeepFinderの利用可能な機能は,生データの前処理,保存miRNAの同定,新規miRNAの採取及び分類化,miRNA発現プロファイリング,miRNA標的予測とmiRNAが関与する遺伝子経路及び遺伝子ネットワーク分析を含む。miRDeepFinderの基礎設計はmiRNA生合成,miRNA媒介遺伝子制御及び標的認識に基づく。miRDeepFinderの精度及びロバスト性を試験するために,本研究はNCBIのGEOデータベースで公表されたシロイヌナズナの低分子RNA大規模シークエンシングデータセットを分析した。本研究はシロイヌナズナにおける3以上の表示カウントをもつ131の既知miRNAから128を検索した。Cleaveland ソフトウェアパッケージは,degradome配列解析によるmiRNA標的同定のためmiRDeepFinderにも取り入れている。この新しい計算ツールによって,本研究はシロイヌナズナ由来miRNA*を用いて13の新規miRNA候補を同定し,実験的にそれらの12を検証した。興味深いことに,12の検証した新規miRNAのうち,AC1と命名したmiRNAは2つの遺伝子のエクソンにまたがる。成熟AC1 miRNA及びそのmiRNA*は共に4つの他の低分子RNAデータセットでも発見された。本研究は,あらゆる種類のmiRNAのためのプライマーを設計するツール「miRNAプライマーデザイナ」を開発した。miRDeepFinderはゲノム情報利用の有無し全種由来のRNAを分析できる強力なツールを提供する。miRDeepFinder及び「miRNAプライマーデザイナ」は自由に入手できる。プログラム(RefFinder)もmiRNAを含む遺伝子発現分析のための高信頼性参照遺伝子を評価するために開発した。Copyright 2012 Springer Science+Business Media B.V. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *Arabidopsis thaliana ,  *アンチセンスRNA ,  ソフトウェア ,  RNA【核酸】 ,  遺伝学実験技術
準シソーラス用語： DNAシークエンシング ,  miRDeepFinder ,  miRNA ,  *マイクロRNA ,  低分子RNA

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  植物学研究法  (EH01020C)

タイトルに関連する用語 (6件)： 植物 ,  低分子RNA ,  大規模 ,  シークエンシング ,  MIR ,  分析ツール