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J-GLOBAL ID：201202248770972522   整理番号：12A0059003

ヒト血液試料の還元表現重亜硫酸シークエンシングの体系的評価:大規模試料エピゲノム研究の有望な方法

Systematic assessment of reduced representation bisulfite sequencing to human blood samples: A promising method for large-sample-scale epigenomic studies

著者 (13件)： WANG Li (BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong, CHN) ,  SUN Jihua (BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong, CHN) ,  WU Honglong (Genome Res. Inst., Shenzhen Univ. Medical School, Shenzhen, CHN) ,  WU Honglong (BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong, CHN) ,  LIU Siyang (School of Life Sci., Sun-Yat-Sen Univ., Guangzhou, Guangdong, CHN) ,  LIU Siyang (BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong, CHN) ,  WANG Junwen (BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong, CHN) ,  WU Boxin (BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong, CHN) ,  HUANG Shujia (School of Bioscience and Biotechnology, South China Univ. of Technol., Guangzhou, Guangdong, CHN) ,  HUANG Shujia (BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong, CHN) ,  LI Ning (BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong, CHN) ,  WANG Jun (BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong, CHN) ,  ZHANG Xiuqing (BGI-Shenzhen, Shenzhen, Guangdong, CHN)
資料名： Journal of Biotechnology  (Journal of Biotechnology)
巻： 157  号： 1  ページ： 1-6  発行年： 2012年01月 
JST資料番号： A0456C  ISSN： 0168-1656  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 時間と費用のかかる直接重亜硫酸シークエンシングを捕捉して,還元表現重亜硫酸シーケンシング(RRBS)をYHのヒト末梢血単核細胞(PBMC)に適用した。アジア個人のゲノムとエピゲノム(YH)はYHプロジェクトで解読されており,検出CpG部位に関するRRBSと直接重亜硫酸シークエンシングにより測定したDNAメチル化レベルの一致に加えて,この技術のゲノムカバレージ,カバレージの深さと再現性を体系的に評価した。その結果,RRBSがCpG島とプロモーター領域の半分以上を良好なカバレージ深さでカバーすることができ,生物学的複製によりカバーされたCpG部位の割合は80~90%に達して,良好な再現性を示すことが分かった。より小さいデータ量を考えると,RRBSは直接重亜硫酸シークエンシングより良好なカバレージ深さを持ち,2つの方法のDNAメチル化量一致は高かった。RRBSはゲノム幅規模のCpG島とプロモーター領域の不偏なDNAメチル化プロファイリングの時間及び費用効果的シークエンス法であり,複数試料の特定ゲノム領域を迅速に分析するすぐれた方法であると結論づけることができた。Copyright 2012 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  リンパ球 ,  *DNA【核酸】 ,  ヌクレオチド配列 ,  プロモーター領域 ,  *ヒト ,  *ゲノム ,  *民族 ,  *遺伝学
準シソーラス用語： CpG島 ,  *DNAシークエンシング ,  *YHゲノム ,  エピゲノム ,  *ヒトゲノム ,  *メチル化DNA ,  *漢民族 ,  *重亜硫酸シークエンシング ,  末梢血単核細胞 ,  *ゲノミクス

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  人類学  (EA01070K)

タイトルに関連する用語 (12件)： ヒト ,  血液試料 ,  還元 ,  表現 ,  亜硫酸 ,  シークエンシング ,  体系 ,  評価 ,  大規模 ,  試料 ,  エピゲノム ,  研究