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J-GLOBAL ID：201202264049753220   整理番号：12A1228710

超分子粗粒水中で溶媒和した蛋白質周りの水分子の原子水準層に関する構造効果

Structural Effects of an Atomic-Level Layer of Water Molecules around Proteins Solvated in Supra-Molecular Coarse-Grained Water

著者 (3件)： RINIKER Sereina (ETH, Zuerich, CHE) ,  EICHENBERGER Andreas P. (ETH, Zuerich, CHE) ,  VAN GUNSTEREN Wilfred F. (ETH, Zuerich, CHE)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 30  ページ： 8873-8879  発行年： 2012年08月02日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 水溶液中蛋白質の原子論的分子動力学シミュレーションは計算コストによってなお多ns時間規模と多nm範囲に制限されている。ハイブリッドQM/MMモデルに類似したハイブリッド微粒化/粗粒(FG/CG)シミュレーションにおける超分子溶媒モデルと組合せた原子溶質は関心事の領域で原子詳細を可能にし,一方,計算上一層効率的である。CG水対FG水中四種類の蛋白質,卵白リゾチーム,主要低温ショック蛋白質,G蛋白質及びコリスミン酸ムターゼの性質の最新比較は少なくとも桁の大きさの計算速度向上でもって二次構造と三次構造の保存を示した。しかしながら,側鎖間の水素結合の増加する出現は超分子溶媒中の水素結合対応物の欠如により観測される。ここでは,原子論的シミュレーションの水素結合パターンを回復する蛋白質周りにFG水層の導入を調べた。三種類の層厚0.2,0.4及び0.8nmを考慮した。0.8nmの層厚は原子論的シミュレーションにおいて蛋白質の挙動を回復するのに十分であることを見いだし,一方,ハイブリッドシミュレーションは原子論的シミュレーションよりもなお三倍以上効率的であり,非結合相互作用のカットオフ半径は1.4から2.0nmに増加できた。

シソーラス用語： *リゾチーム ,  *ストレスタンパク質 ,  *GTP結合タンパク質 ,  *コリスミ酸ムターゼ ,  *水分子 ,  *溶媒和 ,  二次構造 ,  三次構造 ,  水素結合 ,  超分子 ,  計算機シミュレーション ,  原子間ポテンシャル ,  分子動力学 ,  微粒化 ,  計算機処理速度 ,  層厚 ,  分子間相互作用 ,  構造効果 ,  水溶液
準シソーラス用語： G蛋白質【情報伝達】 ,  カットオフ ,  コリスミン酸ムターゼ ,  計算速度 ,  原子論的シミュレーション ,  粗粒モデル ,  蛋白質三次構造 ,  蛋白質二次構造 ,  低温ショック蛋白質 ,  非結合相互作用 ,  分子動力学シミュレーション ,  卵白リゾチーム ,  重合体水溶液

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (9件)： 超分子 ,  粗粒 ,  水中 ,  溶媒和 ,  蛋白質 ,  水分子 ,  原子 ,  水準 ,  構造効果