研究者
J-GLOBAL ID:201301079643692216   更新日: 2024年02月29日

二階堂 愛

ニカイドウ イトシ | NIKAIDO Itoshi
所属機関・部署:
職名: 教授
その他の所属(所属・部署名・職名) (1件):
  • 国立研究開発法人理化学研究所  生命機能科学研究センターバイオインフォマティクス研究開発チーム   チームリーダー
ホームページURL (1件): https://www.hackingisbelieving.org/
研究分野 (3件): ゲノム生物学 ,  生命、健康、医療情報学 ,  システムゲノム科学
研究キーワード (14件): シングルセル ,  データサイエンス ,  ゲノムインフォマティクス ,  トランスクリプトーム ,  オミクス ,  ゲノミクス ,  RNA ,  バイオインフォマティクス ,  ChIP-Seq ,  1細胞 ,  RNA-Seq ,  次世代DNAシーケンサー ,  ゲノム ,  遺伝子
競争的資金等の研究課題 (13件):
  • 2021 - 2026 適応回路を担う網羅的細胞種センサス技術の開発
  • 2021 - 2026 ゲノムレジリエンス破綻の理解と未来予測
  • 2019 - 2025 体表多様性を創発する上皮-間充織相互作用の動的制御機構の解明
  • 2021 - 2024 高出力マルチオミクスによる細胞特性計測の深化
  • 2016 - 2022 臓器・組織内未知細胞の命運・機能の1細胞オミクス同時計測
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論文 (58件):
  • Hinako M. Takase, Tappei Mishina, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mariko Kuse, Itoshi Nikaido, Tomoya S. Kitajima. Transcriptomic Signatures of WNT-Driven Pathways and Granulosa Cell-Oocyte Interactions during Primordial Follicle Activation. 2024
  • Koki Tsuyuzaki, Manabu Ishii, Itoshi Nikaido. Sctensor detects many-to-many cell-cell interactions from single cell RNA-sequencing data. BMC bioinformatics. 2023. 24. 1. 420-420
  • Yasuyuki Shima, Henrik Skibbe, Yohei Sasagawa, Noriko Fujimori, Yoshimi Iwayama, Ayako Isomura-Matoba, Minoru Yano, Takumi Ichikawa, Itoshi Nikaido, Nobutaka Hattori, et al. Distinctiveness and continuity in transcriptome and connectivity in the anterior-posterior axis of the paraventricular nucleus of the thalamus. Cell reports. 2023. 42. 10. 113309-113309
  • Hitomi Takada, Yohei Sasagawa, Mika Yoshimura, Kaori Tanaka, Yoshimi Iwayama, Tetsutaro Hayashi, Ayako Isomura-Matoba, Itoshi Nikaido, Akira Kurisaki. Author Correction: Single-cell transcriptomics uncovers EGFR signaling-mediated gastric progenitor cell differentiation in stomach homeostasis. Nature Communications. 2023
  • Nao Ogura, Yohei Sasagawa, Tasuku Ito, Toshiaki Tameshige, Satomi Kawai, Masaki Sano, Yuki Doll, Akira Iwase, Ayako Kawamura, Takamasa Suzuki, et al. WUSCHEL-RELATED HOMEOBOX 13 suppresses de novo shoot regeneration via cell fate control of pluripotent callus. Science Advances. 2023. 9. 27
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MISC (83件):
  • 二階堂愛, 二階堂愛. 超多検体オミクスによる細胞特性の計測. 日本再生医療学会総会(Web). 2021. 20th
  • 二階堂愛, 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトームデータの解析技術. 医学のあゆみ. 2021. 276. 10
  • 二階堂 愛. ヒト細胞アトラス構築のための1細胞トランスクリプトーム技術. 日本臨床免疫学会総会プログラム・抄録集. 2020. 48回. 82-82
  • 笹川 洋平, 田中 かおり, 林 哲太郎, 二階堂 愛. 1細胞RNA解析で世界最高成績 -国際的な性能比較研究で証明-. 2020
  • 森田梨津子, 三千典子, 佐々木弘子, 林哲太郎, 梅田茉奈, 芳村美佳, 山本尚貴, 柴田達夫, 阿部高也, 清成寛, et al. 毛包幹細胞の発生起源と誘導過程. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2020. 43rd
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特許 (4件):
書籍 (12件):
  • 空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド〜最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ! (実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ)
    羊土社 2022 ISBN:475812261X
  • 実験医学別冊 新世代フローサイトメトリー活用スタンダード
    羊土社 2021
  • シングルセル解析でなにがわかるか
    化学同人 2020 ISBN:9784759817348
  • 定量生物学 : 生命現象を定量的に理解するために
    化学同人 2018 ISBN:9784759817300
  • 新版 フローサイトメトリー もっと幅広く使いこなせる! 〜マルチカラー解析も、ソーティングも、もう悩まない! (実験医学別冊 最強のステップUPシリーズ)
    羊土社 2016 ISBN:4758101965
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講演・口頭発表等 (115件):
  • バイオインフォマティクスとゲノム科学で挑む生命の理解
    (理化学研究所生命機能科学研究センター発生・再生科学集中レクチャープログラム 2023)
  • 基盤モデルに向けたオミクス計測の未来
    (AIロボット駆動科学シンポジウム2023 2023)
  • 大規模トランスクリプトームとAI創薬
    (第66回日本腎臓学会学術総会 2023)
  • 大規模トランスクリプトームとAI技術による再生医療・創薬
    (第22回日本再生医療学会総会シンポジウム31 再生医療や創薬開発のためのバイオインフォマティクス 2023)
  • ゲノム不安定性を1細胞トランスクリプトームから解析する技術
    (日本抗加齢医学会 抗加齢ゲノム医学講習会 2023)
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学歴 (1件):
  • 2001 - 2004 横浜市立大学大学院 総合理学研究科 生体超分子システム科学専攻
学位 (1件):
  • 博士 (理学) (横浜市立大学)
経歴 (11件):
  • 2022/04 - 現在 熊本大学 発生医学研究所 客員教授
  • 2022/03 - 現在 国立大学法人 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 バイオデータ科学部門ゲノム機能情報分野 教授
  • 2020/04 - 現在 国立大学法人 筑波大学 システム情報工学研究群 ライフイノベーション(生物情報)学位プログラム 教授 (協働大学院)
  • 2019/04 - 現在 理化学研究所 生命機能科学研究センター バイオインフォマティクス研究開発チーム チームリーダー
  • 2020/04 - 2022/03 国立大学法人 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 ゲノム応用医学部門 ゲノム機能情報分野 教授
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委員歴 (6件):
  • 2018/10 - 現在 国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST) CREST・さきがけ複合研究領域 ”ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出” 領域アドバイザー
  • 2018 - 現在 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 DNAデータ研究利用委員会
  • 2017 - 現在 国立研究開発法人 科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター基盤技術分科会委員
  • 2023/01 - 2024/12 特定非営利活動法人 日本分子生物学会 研究倫理委員会
  • 2023/01 - 2024/12 特定非営利活動法人 日本分子生物学会 第23期理事会
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所属学会 (5件):
一般社団法人ゲノムテクノロジー研究会 ,  日本再生医療学会 ,  定量生物の会 ,  bioinformatics-jp ,  日本分子生物学会
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