二階堂愛

ニカイドウイトシ | NIKAIDO Itoshi

所属機関・部署：
職名：教授
その他の所属（所属・部署名・職名） (1件)：

国立研究開発法人理化学研究所最先端研究プラットフォーム連携(TRIP)事業本部科学研究基盤モデル開発プログラム (AGIS), オミクス計算モデル開発チームチームディレクター

ホームページURL (1件)： https://www.hackingisbelieving.org/

研究分野 (3件)：ゲノム生物学 , 生命、健康、医療情報学 , システムゲノム科学

研究キーワード (16件)：基盤モデル , 生成AI , シングルセル , データサイエンス , ゲノムインフォマティクス , トランスクリプトーム , オミクス , ゲノミクス , RNA , バイオインフォマティクス , ChIP-Seq , 1細胞 , RNA-Seq , 次世代DNAシーケンサー , ゲノム , 遺伝子

競争的資金等の研究課題 (15件)：

2023 - 2027 アメーボゾアから探る形態形成運動の祖先型分子機構と多細胞体制の進化
2021 - 2026 適応回路を担う網羅的細胞種センサス技術の開発
2021 - 2026 ゲノムレジリエンス破綻の理解と未来予測
2019 - 2025 体表多様性を創発する上皮-間充織相互作用の動的制御機構の解明
2021 - 2024 高出力マルチオミクスによる細胞特性計測の深化

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論文 (61件)：

Haruko Nakagawa, Yasuyuki Shima, Yohei Sasagawa, Itoshi Nikaido. MitoDelta: identifying mitochondrial DNA deletions at cell-type resolution from single-cell RNA sequencing data. BMC genomics. 2025. 26. 1. 810-810
Yohei Sasagawa, Yoshimi Iwayama, Minoru Yano, Itoshi Nikaido. Elucidation of the mechanism of byproduct DNA synthesis in whole-transcript amplification by poly-A tagging and development of its specific suppression. 2025
Yasuaki Iwama, Tomohiro Masuda, Mika Yoshimura, Mikiya Watanabe, Martin Friedlander, Kohji Nishida, Masayo Takahashi, Itoshi Nikaido, Mchiko Mandai. Genomic characterization of sub-populations in human pluripotent stem cell-derived retinal progenitor cells that drive retinal layer structure. 2025
Kazuhiro Ikkyu, Itoshi Nikaido. The Effect of Multi-task Learning on the Prediction of Neoantigen-MHC Class II Binding. IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 2025. 1-12
Hinako M. Takase, Tappei Mishina, Tetsutaro Hayashi, Mika Yoshimura, Mariko Kuse, Itoshi Nikaido, Tomoya S. Kitajima. Transcriptomic signatures of WNT-driven pathways and granulosa cell-oocyte interactions during primordial follicle activation. PLOS ONE. 2024

MISC (84件)：

高田仁実, 笹川洋平, 笹川洋平, 芳村美佳, 二階堂愛, 二階堂愛, 栗崎晃. マウス成体胃組織における幹細胞の分化制御メカニズムの解析. 日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web). 2022. 45th
二階堂愛, 二階堂愛. 超多検体オミクスによる細胞特性の計測. 日本再生医療学会総会(Web). 2021. 20th
二階堂愛, 二階堂愛. 1細胞トランスクリプトームデータの解析技術. 医学のあゆみ. 2021. 276. 10
二階堂愛. ヒト細胞アトラス構築のための1細胞トランスクリプトーム技術. 日本臨床免疫学会総会プログラム・抄録集. 2020. 48回. 82-82
笹川洋平, 田中かおり, 林哲太郎, 二階堂愛. 1細胞RNA解析で世界最高成績 -国際的な性能比較研究で証明-. 2020

特許 (4件)：

宿主生殖腺への生着能を有する生殖細胞識別マーカー
核酸の増幅方法
宿主生殖腺への生着能を有する生殖細胞識別マーカー
骨芽細胞分化促進剤及び抑制剤並びに骨形成促進剤、骨粗鬆症の治療薬、抗肥満薬及びスクリーニング方法

書籍 (13件)：

選択的ドロップレット化技術と1細胞RNA-seqへの応用. 実験医学 2025年5月号
羊土社 2025
空間オミクス解析スタートアップ実践ガイド〜最新機器の特徴と目的に合った選び方、データ解析と応用例を学び、シングルセル解析の一歩その先へ! (実験医学別冊最強のステップUPシリーズ)
羊土社 2022 ISBN:475812261X
実験医学別冊新世代フローサイトメトリー活用スタンダード
羊土社 2021
シングルセル解析でなにがわかるか
化学同人 2020 ISBN:9784759817348
定量生物学 : 生命現象を定量的に理解するために
化学同人 2018 ISBN:9784759817300

講演・口頭発表等 (123件)：

基盤モデル時代のオミクス研究とデータベースの現在地
(トーゴーの日シンポジウム2024「AI + ロボティクス + データベースが変える生命科学」 2025)
1細胞・1塩基レベルでのトランスクリプトームとゲノム構造変異の同時計測法
(長崎大学・金沢大学・千葉大学先進予防医学共同専攻 FD 講演会 2024)
大規模生成AIと大規模トランスクリプトームデータによる遺伝子発現変動の予測
(第47回日本分子生物学会年会 2024)
多様化する1細胞RNAシーケンスと生成AIへの応用
(第47回日本分子生物学会年会 2024)
Leveraging Large-Scale Generative AI for Omics with High-Throughput Transcriptome Analysis
(The 69th Annual Meeting of the Japan Society of Human Genetics. 2024)

学歴 (1件)：

2001 - 2004 横浜市立大学大学院総合理学研究科生体超分子システム科学専攻

学位 (1件)：

博士 (理学) (横浜市立大学)

経歴 (15件)：

2025/04 - 現在最先端研究プラットフォーム連携(TRIP)事業本部科学研究基盤モデル開発プログラム (AGIS), オミクス計算モデル開発チームチームディレクター
2024/10 - 現在東京科学大学総合研究院難治疾患研究所バイオデータ科学部門ゲノム機能情報分野教授
2024/04 - 現在理化学研究所最先端研究プラットフォーム連携(TRIP)事業本部科学研究基盤モデル開発プログラム (AGIS) テーマリーダー
2022/04 - 現在熊本大学発生医学研究所客員教授
2020/04 - 現在国立大学法人筑波大学システム情報工学研究群ライフイノベーション(生物情報)学位プログラム教授 (協働大学院)

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委員歴 (8件)：

2025/10 - 現在日本分子生物学会 (Wiley) Genes to Cells 編集委員
2023/11 - 現在公益財団法人細胞科学研究財団研究助成審査委員
2018/10 - 現在国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) CREST・さきがけ複合研究領域 ”ゲノムスケールのDNA設計・合成による細胞制御技術の創出” 領域アドバイザー
2018 - 現在情報・システム研究機構国立遺伝学研究所 DNAデータ研究利用委員会
2017 - 現在国立研究開発法人科学技術振興機構(JST) バイオサイエンスデータベースセンター基盤技術分科会委員

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受賞 (1件)：

2025/10 - 東京科学大学竹田国際貢献賞単一細胞RNAシーケンス法の開発と細胞アトラス構築への国際的貢献

所属学会 (5件)：

一般社団法人ゲノムテクノロジー研究会 , 日本再生医療学会 , 定量生物の会 , bioinformatics-jp , 日本分子生物学会

※　J-GLOBALの研究者情報は、researchmapの登録情報に基づき表示しています。登録・更新については、こちらをご覧ください。

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二階堂 愛

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