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J-GLOBAL ID：201302237404041171   整理番号：13A1335535

MODYLAS:高速多極法(FMM)と大規模拡張性微粒新並行処理アルゴリズムによって計算した長距離力を有する大規模系に関する高並行化一般目的分子動力学シミュレーション計画

MODYLAS: A Highly Parallelized General-Purpose Molecular Dynamics Simulation Program for Large-Scale Systems with Long-Range Forces Calculated by Fast Multipole Method (FMM) and Highly Scalable Fine-Grained New Parallel Processing Algorithms

著者 (17件)： ANDOH Yoshimichi (Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  YOSHII Noriyuki (Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  FUJIMOTO Kazushi (Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  MIZUTANI Keisuke (Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  KOJIMA Hidekazu (Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  YAMADA Atsushi (Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  OKAZAKI Susumu (Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  KAWAGUCHI Kazutomo (Nagoya Univ., Nagoya, JPN) ,  NAGAO Hidemi (Kanazawa Univ., Kanazawa, JPN) ,  IWAHASHI Kensuke (Inst. Molecular Sci., Okazaki, JPN) ,  MIZUTANI Fumiyasu (Inst. Molecular Sci., Okazaki, JPN) ,  MINAMI Kazuo (Riken, Kobe, JPN) ,  ICHIKAWA Shin-ichi (Fujitsu Ltd., Chiba, JPN) ,  KOMATSU Hidemi (Fujitsu Ltd., Chiba, JPN) ,  ISHIZUKI Shigeru (Fujitsu Ltd., Chiba, JPN) ,  TAKEDA Yasuhiro (Fujitsu Ltd., Chiba, JPN) ,  FUKUSHIMA Masao (Fujitsu Ltd., Chiba, JPN)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 9  号： 7  ページ： 3201-3209  発行年： 2013年07月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大規模並列スーパーコンピュータを用い,極大系へ分子動力学(MD)計算を拡張した。この拡張が分子系科学において最先端を切開くことができる。誤解を招くことなく大規模MDシミュレーションが満足しなければならぬ幾つかの重要条件として,長距離力の厳格評価,周期的境界条件,任意分子系への適用性及び自由エネルギー計算がある。MD単位格子多極に対するEwald法を組合せた高速多極法(FMM)により,境界条件を有する全体系にわたり働く長距離力を評価した。FMMは高速Fourier変換から独立して高並行化に相応しい各水準で,近隣接間の通信を唯一必要とする。プログラム性能をK-計算機と高規模拡張性の面で調べた。

シソーラス用語： *分子系 ,  ウイルス ,  リポソーム ,  高分子 ,  *分子集合体 ,  ミセル ,  評価試験 ,  並列演算 ,  *スーパコンピュータ ,  *分子動力学 ,  *計算機シミュレーション ,  遠距離相互作用 ,  境界条件 ,  エネルギー計算 ,  自由エネルギー ,  多重極展開 ,  結晶格子 ,  数値解法 ,  Fourier変換 ,  並列アルゴリズム ,  演算 ,  比率 ,  キャッシュメモリ ,  スケーラビリティ【計算機】 ,  座標
準シソーラス用語： Ewald法 ,  キャッシュミス率 ,  ベンチマーク試験 ,  演算操作 ,  規模の拡張性 ,  原子座標 ,  高分子集合体 ,  自由エネルギー計算 ,  周期的境界条件 ,  多極展開 ,  大規模並列計算 ,  単位格子 ,  長距離相互作用 ,  *分子動力学シミュレーション

分類 (2件)： 分子構造と性質の実験的研究  (CB01020I) ,  その他の情報処理  (JE15050M)

タイトルに関連する用語 (12件)： 多極 ,  大規模 ,  拡張性 ,  微粒 ,  並行処理 ,  アルゴリズム ,  計算 ,  長距離 ,  大規模系 ,  並行 ,  分子動力学シミュレーション ,  計画