文献

J-GLOBAL ID：201302237634687038   整理番号：13A0864758

RNAテトラループの計算機折り畳みか? まだそこに着かないか?

Computer Folding of RNA Tetraloops? Are We There Yet?

著者 (8件)： KUEHROVA Petra (Palacky Univ. Olomouc, Olomouc, CZE) ,  BANAS Pavel (Palacky Univ. Olomouc, Olomouc, CZE) ,  BANAS Pavel (Inst. of Biophysics, Acad. of Sci. of the Czech Republic, Brno, CZE) ,  BEST Robert B. (National Inst. of Health, Maryland, USA) ,  SPONER Jiri (Inst. of Biophysics, Acad. of Sci. of the Czech Republic, Brno, CZE) ,  SPONER Jiri (Masaryk Univ., Brno, CZE) ,  OTYEPKA Michal (Palacky Univ. Olomouc, Olomouc, CZE) ,  OTYEPKA Michal (Inst. of Biophysics, Acad. of Sci. of the Czech Republic, Brno, CZE)
資料名： Journal of Chemical Theory and Computation  (Journal of Chemical Theory and Computation)
巻： 9  号： 4  ページ： 2115-2125  発行年： 2013年04月 
JST資料番号： W2328A  ISSN： 1549-9618  CODEN： JCTCCE  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： パラメータを改善したAMBER RNA力場を用いるレプリカ交換分子力学(REMD)法により,代表的なUNCGおよびGNRAテトラループ(TL:Rはプリン,Nは任意の核酸塩基を表す)を含むRNAヘアピンの折り畳み挙動を調べた。折り畳み状態のTLの初期構造として高分解能NMRにより決定した構造またはX線結晶構造を,またアンフォールド状態のTLの初期構造として800Kにて一定体積の条件下での古典的分子動力学シミュレーションにより得られた構造をそれぞれ用いた。その結果,検討したいずれのTLについても,また折り畳み状態とアンフォールド状態のいずれの状態から出発した場合でも~19μsまでのREMD計算により天然構造からのずれが2Å以内のコンフォメーションに到達することができ,また折り畳みエネルギー景観上に安定コンフォメーションを地図化することができた。UUCG TLとGNRAの誤折り畳み状態を同定した。さらにこれらの結果から,エンドリボヌクレアーゼであるレストリクトシンにGNRA TLが結合するのはコンフォメーション選択機構により起こるか否かを議論した。

シソーラス用語： プログラムパッケージ ,  *計算機シミュレーション ,  *RNA【核酸】 ,  ヘアピン構造 ,  *折畳み構造 ,  力の場 ,  立体配座 ,  *分子動力学 ,  RNアーゼ ,  エンドヌクレアーゼ
準シソーラス用語： AMBER ,  コンフォメーション ,  *レプリカ交換分子動力学シミュレーション ,  誤った折畳み ,  *分子動力学シミュレーション ,  分子力学法 ,  力場 ,  エンドリボヌクレアーゼ ,  レストリクトシン

分類 (3件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  理論生物学一般  (EA02010D) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (5件)： RNA ,  テトラ ,  ループ ,  計算機 ,  折り畳み