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J-GLOBAL ID：201302238840402011   整理番号：13A1087854

GeLC-MS/MSとスペクトルカウンティングによる,対で記録された新鮮な凍結された試料とホルマリン固定された試料から生成された差次的プロテオミクスデータの比較可能性

Comparability of differential proteomics data generated from paired archival fresh-frozen and formalin-fixed samples by GeLC-MS/MS and spectral counting

著者 (8件)： TANCA Alessandro (Porto Conte Ricerche Srl, Tramariglio, Alghero, ITA) ,  PAGNOZZI Daniela (Porto Conte Ricerche Srl, Tramariglio, Alghero, ITA) ,  BURRAI Giovanni P. (Dipartimento di Medicina Veterinaria, Universita di Sassari, Sassari, ITA) ,  POLINAS Marta (Dipartimento di Medicina Veterinaria, Universita di Sassari, Sassari, ITA) ,  UZZAU Sergio (Porto Conte Ricerche Srl, Tramariglio, Alghero, ITA) ,  UZZAU Sergio (Dipartimento di Scienze Biomediche, Universita di Sassari, Sassari, ITA) ,  ANTUOFERMO Elisabetta (Dipartimento di Medicina Veterinaria, Universita di Sassari, Sassari, ITA) ,  ADDIS Maria Filippa (Porto Conte Ricerche Srl, Tramariglio, Alghero, ITA)
資料名： Journal of Proteomics  (Journal of Proteomics)
巻： 77  ページ： 561-576  発行年： 2012年12月21日 
JST資料番号： T0073A  ISSN： 1874-3919  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究で,臨床的に設置された典型的条件下でルーチンに行われている,同じ組織のホルマリンパラフィン包埋(FFPE)と新鮮な凍結(FrFr)試料のセットで構成される獣医学保存を利用して,記録された試料の2つのタイプについて,GeLC-MS/MS(ゲル内分解に続く1-DEとLC-MS/MS)とスペクトルカウンティングにより生じた結果を比較評価することを行った。それゆえに,3種のイヌ乳癌と3種のコントロール(全体で6FrFrと6FFPE)を対で使用して2つの平行した差次的プロテオミクス研究が行われた。結果として,FrFrとFFPE差次的プロテオミクスデータセットは,蛋白質分子機能,細胞内局在性,ネットワークと経路に関しては差次的発現傾向においては明らかに一致していた。しかしながらFFPE試料は全体的に少し情報性,特に高分子サブプロテオームに関して,が欠けていた。さらなる研究として,蛋白質固定と回収への分子的観点に新しい識見が得られた。結論として,記録されたFFPE試料は,いくつかの典型的なバイアスを考慮する必要があるが,スペクトルカウンティングGeLC-MS/MSアプローチを使用する差次的プロテオーム研究には信用して利用することができる,そしてFrFr試料(可能なとき)は臨床プロテオミクスのゴールドスタンダードとして考慮すべきである。Copyright 2013 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *LC-MS分析 ,  タンデム質量分析 ,  *冷凍貯蔵 ,  *生体試料固定 ,  *プロテオミクス ,  イヌ ,  乳房腫瘍 ,  プロテオーム ,  標準 ,  細胞内分布 ,  ネットワーク ,  経路
準シソーラス用語： *GeLC-MS/MS ,  LC/MS/MS ,  *スペクトルカウンティング ,  バイオレポジトリー ,  プロテオミクス解析 ,  *ホルマリン固定パラフィン包埋 ,  高分子プロテオーム ,  細胞内局在 ,  蛋白質回収 ,  蛋白質機能 ,  蛋白質固定化 ,  凍結試料 ,  凍結貯蔵 ,  乳癌 ,  比較プロテオミクス

分類 (3件)： 生物物理的研究法  (EA03020V) ,  動物の診療・診療設備  (FE01020U) ,  基礎診断学  (GC03002P)

タイトルに関連する用語 (7件)： スペクトル ,  カウンティング ,  凍結 ,  試料 ,  ホルマリン固定 ,  プロテオミクス ,  可能性