文献

J-GLOBAL ID：201302244061524933   整理番号：13A1032007

SSmPMGおよびSS-GA 代謝ネットワークの経路発見およびダイナミックシミュレーションのためのツール

SS-mPMG and SS-GA: Tools for Finding Pathways and Dynamic Simulation of Metabolic Networks

著者 (18件)： KATSURAGI Tetsuo (Nara Inst. Sci. and Technol., Nara, JPN) ,  ONO Naoaki (Nara Inst. Sci. and Technol., Nara, JPN) ,  YASUMOTO Keiichi (Nara Inst. Sci. and Technol., Nara, JPN) ,  ALTAF-UL-AMIN Md. (Nara Inst. Sci. and Technol., Nara, JPN) ,  HIRAI Masami Y. (Riken, Kanagawa, JPN) ,  HIRAI Masami Y. (JST-CREST, Saitama, JPN) ,  SRIYUDTHSAK Kansuporn (Riken, Kanagawa, JPN) ,  SRIYUDTHSAK Kansuporn (JST-CREST, Saitama, JPN) ,  SAWADA Yuji (Riken, Kanagawa, JPN) ,  YAMASHITA Yui (Hokkaido Univ., Sapporo, JPN) ,  CHIBA Yukako (Hokkaido Univ., Sapporo, JPN) ,  ONOUCHI Hitoshi (JST-CREST, Saitama, JPN) ,  ONOUCHI Hitoshi (Hokkaido Univ., Sapporo, JPN) ,  FUJIWARA Toru (JST-CREST, Saitama, JPN) ,  FUJIWARA Toru (Univ. Tokyo, Tokyo, JPN) ,  NAITO Satoshi (Hokkaido Univ., Sapporo, JPN) ,  SHIRAISHI Fumihide (Kyushu Univ., Fukuoka, JPN) ,  KANAYA Shigehiko (Nara Inst. Sci. and Technol., Nara, JPN)
資料名： Plant and Cell Physiology  (Plant and Cell Physiology)
巻： 54  号： 5  ページ： 728-739  発行年： 2013年05月 
JST資料番号： W1897A  ISSN： 0032-0781  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： メタボロミクス解析における代謝経路モデルの開発ツールとして,代謝産物濃度の動態力学のシミュレート(SS-mPMG),および遺伝的アルゴリズムのパラメータ評価(SS-GA)を示した。SS-mPMGはシミュレーションの複雑さをなくし,ゲノム規模から代謝ネットワークを抽出することで,実験で観察されるであろう結果に近似していくことができる。シロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)を用いた実際の実験からも,シミュレーション結果を実験で再現できたことが示された。このシミュレーションでは,公開されているデータベースからの情報が用いられ,さらにシミュレーションで必要なパラメータの設定は遺伝的アルゴリズムから決定された。SSmPMGおよびSSGAが,代謝経路の発見やシミュレーション実施の良いツールになると考えられる。

シソーラス用語： Arabidopsis thaliana ,  情報科学 ,  生物学 ,  遺伝的アルゴリズム ,  代謝 ,  計算機シミュレーション ,  ネットワーク ,  *代謝経路 ,  *シミュレーション ,  確率モデル ,  細胞生理
準シソーラス用語： SSGA ,  SSmPMG ,  ダイナミックシミュレーション ,  バイオインフォマティクス ,  確率的シミュレーション ,  細胞生理学 ,  植物細胞生理学

分類 (2件)： 物質の代謝  (EH02050Q) ,  植物学研究法  (EH01020C)

引用文献 (36件)：

• Arkin, A., Ross, J. and McAdams, H.H. (1998) Stochastic kinetic analysis of developmental pathway bifurcation in phase λ-infected Escherichia coli cells. Genetics 149: 1633-1648.
• Bedair, M. and Sumner, L.W. (2008) Current and emerging massspectrometry technologies for metabolomics. TrAC Trends Anal. Chem. 27: 238-250.
• Buchanan, B.B., Gruissem, W. and Jones, R.L. (2000) In Biochemistry and molecular biology of plants. American Society of Plant Physiologists, Rockville.
• Buchholz, A., Hurlebaus, J., Wandrey, C. and Takors, R. (2002) Metabolomics: quantification of intracellular metabolite dynamics. Biomol. Eng. 19: 5-15.
• Caspi, R., Altman, T., Dreher, K., Fulcher, C.A., Subhraveti, P., Keseler, I.M. et al. (2012) The MetaCyc database of metabolic pathways and enzymes and the BioCyc collection of pathway/genome databases. Nucleic Acids Res. 40: D742-D753.

タイトルに関連する用語 (6件)： SS ,  Ga ,  代謝ネットワーク ,  経路発見 ,  ダイナミックシミュレーション ,  ツール